在HPC集群上从八度调用R脚本时出错

Question

我有一个octave脚本，它调用一个R脚本在一个HPC集群上做一些计算。计算程序如下：

1. 提交集群上的作业，以获得分配的计算节点，然后将计算分发给该节点中的每个CPU。shell脚本的一部分如下所示 count=0 HOSTLIST= in cat $PBS\_NODEFILE do HOSTLIST$count=$host count=$(($count+1)) .mkdir case_$count cd case_$count export workdir=pwd remotehost=${HOSTLIST$pcount} ssh -n $remotehost "cd $workdir；export PATH=$PATH:$workdir；octave $MFILE > /dev/null“&
2. 为了简单起见，示例$MFILE内容是 printf(“从Octave \n调用R脚本”)；system('./hello_world.R')；
3. The hello_world.R #!/usr/bin/Rscript打印(“你好世界！”)
4. 运行时遇到的错误 sh：./hloloworld.r: /usr/bin/Rscript:糟糕的解释器:没有这样的文件或目录
5. 我的一些环境变量(以防万一) $ echo $PATH /usr/local/bin:/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/sbin:/usr/local/cuda/bin:/opt/ganglia/bin:/opt/ganglia/sbin:/usr/java/latest/bin:/opt/maven/bin:/opt/maui/bin:/opt/torque/bin:/opt/torque/sbin:/opt/pvfs2/bin:/opt/rocks/bin:/opt/rocks/sbin $哪个Rscript /usr/bin/Rscript $哪个R /usr/bin/R

如果我从命令行运行$MFILE，它可以正常工作，并打印出所需的输出。我已经尝试了许多我可以在网上找到的解决方案，但都没有用。

有人知道出了什么问题吗？谢谢你的建议！

Answer 1

问题是R是在登录节点上加载的，但是没有加载到计算节点上。因此，在作业提交脚本中，在进行任何计算之前，必须有一行来加载R。例如：

    module load r/3.4.3

请参阅更多这里和这里