S4类调度行为的不一致性

Question

实际问题

1. https://github.com/wch/R6类继承自(非正式的S3)类R6这一事实不应该允许为该类的签名参数定义S4方法吗？
2. 尽管如此- AFAICT -情况并非如此，在这种情况下，有什么解决办法符合目前的S3/S4标准或多少可以被视为“最佳做法”？

背景和实例

引用类

考虑下面的示例，您希望定义在所有https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/methods/html/refClass.html实例从(envRefClass)继承的超类上调度的方法：

TestRefClass <- setRefClass("TestRefClass", fields= list(.x = "numeric"))
setGeneric("foo", signature = "x",
  def = function(x) standardGeneric("foo")
)
setMethod("foo", c(x = "envRefClass"),
  definition = function(x) {
    "I'm the method for `envRefClass`"
})
> try(foo(x = TestRefClass$new()))
[1] "I'm the method for `envRefClass`"

这种继承结构并不明显，因为class()不会揭示这一事实：

class(TestRefClass$new())
[1] "TestRefClass"
attr(,"package")
[1] ".GlobalEnv"

但是，看看类生成器对象的属性就会发现：

> attributes(TestRefClass)
[... omitted ...]

 Reference Superclasses:  
    "envRefClass"

[... omitted ...]

这就是为什么调度工作的原因

R6类

当您想对R6类做类似的事情时，事情似乎并不直接，即使它们最初看起来是这样的(与引用类相比)：

TestR6 <- R6Class("TestR6", public = list(.x = "numeric"))
setMethod("foo", c(x = "R6"),
  definition = function(x) {
    "I'm the method for `R6`"
})
> try(foo(x = TestR6$new()))
Error in (function (classes, fdef, mtable)  : 
  unable to find an inherited method for function ‘foo’ for signature ‘"TestR6"’

通过“直接出现”，我的意思是class()实际上建议所有R6类继承可用作方法分派的超类的类R6：

class(TestR6$new())
[1] "TestR6" "R6"  

R6Class()的帮助页面实际上显示，类R6只是作为一个非正式的S3类添加，就像class = TRUE一样。这也是为什么在试图为该类定义S4方法时会出现警告。

因此，这基本上给我们留下了两种可能的选择/解决办法：

1. 通过R6将类setOldClass()转换为正式类
2. 让R6类的所有实例继承其他超类，例如，.R6

( Ad 1)

setOldClass("R6")
> isClass("R6")
[1] TRUE

当侵入类表/图中的S3样式时，这是可行的：

dummy <- structure("something", class = "R6")
> foo(dummy)
[1] "I'm the method for `R6`"

但是，对于实际的R6类实例，它失败了：

> try(foo(x = TestR6$new()))
Error in (function (classes, fdef, mtable)  : 
  unable to find an inherited method for function ‘foo’ for signature ‘"TestR6"’

(第二章)

.R6 <- R6Class(".R6")
TestR6_2 <- R6Class("TestR6_2", inherit = .R6, public = list(.x = "numeric"))
setMethod("foo", c(x = ".R6"),
  definition = function(x) {
    "I'm the method for `.R6`"
})
> try(foo(x = TestR6_2$new()))
Error in (function (classes, fdef, mtable)  : 
  unable to find an inherited method for function ‘foo’ for signature ‘"TestR6_2"’

结论

虽然方法1排序在一个“灰色区域”中操作，以使S3和S4在某种程度上兼容，但方法2似乎是一个完全有效的“纯S4”解决方案，海事组织应该能够工作。事实上，这并没有让我提出一个问题:在R6类的实现中，在非正式/正式类和方法分派的交互方面是否存在不一致。

Answer 1

由于Hadley Wickham，我发现setOldClass()在包含继承结构时实际上解决了这个问题：

require("R6")
setOldClass(c("TestR6", "R6"))
TestR6 <- R6Class("TestR6", public = list(.x = "numeric"))
setGeneric("foo", signature = "x",
  def = function(x) standardGeneric("foo")
)
setMethod("foo", c(x = "R6"),
  definition = function(x) {
    "I'm the method for `R6`"
  })
try(foo(x = TestR6$new()))

但是，AFAICT，这意味着对于您的包，您需要确保对您希望使用setOldClass()方法的所有R6类都以这种方式调用S4。

这可以通过在函数.onLoad()或.onAttach()中绑定这些调用来实现(参见here)：

.onLoad <- function(libname, pkgname) {
  setOldClass(c("TestR6_1", "R6"))
  setOldClass(c("TestR6_2", "R6"))
  setOldClass(c("TestR6_3", "R6"))
}

这是假设您已经定义了三个R6类(TestR6_1通过TestR6_3)