运行R脚本后将R对象传递给Python

Question

我有一个python脚本Test.py，它在下面运行一个R脚本Test.R：

import subprocess
import pandas
import pyper


#Run Simple R Code and Print Output
proc = subprocess.Popen(['Path/To/Rscript.exe',
                         'Path/To/Test.R'],
                        stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE)
stdout, stderr = proc.communicate()
print stdout
print stderr

R脚本如下：

library("methods")
x <- c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10)
y <- c(2,4,6,8,10,12,14,16,18,20)
data <- data.frame(x,y)

我如何将R数据帧(或任何R对象)传递给Python？我很难让Rpy2在windows上工作，我看过这个链接使用PypeR，但是它在Python代码中使用了大量的内联R代码，我真的很想把这些代码保存在单独的文件中(或者这种做法被认为是可以接受的？)谢谢。

Answer 1

我也经历过让Rpy2在mac上工作以及使用相同的方法通过子过程直接从python调用R的问题；我也同意保持文件分离有助于管理复杂性。

首先，将数据从R导出为.csv (同样是通过子进程调用脚本)：

write.table(data, file = 'test.csv')

在此之后，您可以作为python大熊猫数据框架(熊猫)导入：

import pandas as pd
dat = pd.read_csv('test.csv')

dat
   row  x    y
   1    1    2
   2    2    4
   3    3    6
   4    4    8
   5    5    10
   6    6    12
   7    7    14
   8    8    16
   9    9    18
  10   10    20