求行组的IQR

Question

我想在dataframe中找到一系列值的IQR。这些值也是分组的，因此我需要在dataframe中找到每个组的IQR。我有下表：

 Block DNAname  Spot_Size   Molarity    Cy3_Fluorescence
 1  DNA 01  100pl   100 14266
 1  DNA 01  100pl   100 16020
 1  DNA 01  100pl   100 15705
 1  DNA 01  100pl   100 15783
 1  DNA 01  100pl   100 15834
 1  DNA 01  100pl   50  12248
 1  DNA 01  100pl   50  12209
 1  DNA 01  100pl   50  12511
 1  DNA 01  100pl   50  12316
 1  DNA 01  100pl   50  12469
 1  DNA 01  100pl   25  9626
 1  DNA 01  100pl   25  9804
 1  DNA 01  100pl   25  9794
 1  DNA 01  100pl   25  10020
 1  DNA 01  100pl   25  9739
 1  DNA 01  100pl   10  7158
 1  DNA 01  100pl   10  6802
 1  DNA 01  100pl   10  7378
 1   DNA 01 100pl   10  5949
 1  DNA 01  100pl   10  7484
 1  DNA 01  100pl   5   5257
 1  DNA 01  100pl   5   5560
 1  DNA 01  100pl   5   6076
 1  DNA 01  100pl   5   5925

我运行以下代码来查找IQR：

aggregate(Cy3.DNA1.100pl.1uM$Cy3_Fluorescence, list(Molarity=
    Cy3.DNA1.100pl.1uM$Molarity, Spot_Size=Cy3.DNA1.100pl.1uM$Spot_Size ), IQR)

这给了我一个输出：

   Molarity  Spot_Size   x
      5     100pl    384
     10     100pl    576
     25     100pl     65
     50     100pl    221
    100     100pl    129

此输出分组所有的磨擦正确，但IQR是不正确的。如果上面的代码将平均值作为函数而不是IQR，则x的值(函数值)是正确的：

   Molarity Spot_Size       x
    5     100pl       5752.4
   10     100pl       6954.2
   25     100pl       9796.6
   50     100pl      12350.6
  100     100pl      15521.6

预期的IQRS应如下：

Molarity IQR
100      324.25
50       258
25       363
10       519.5
5        400

任何帮助都将不胜感激。如果有人知道我如何为IQR执行这个函数，那么当有一组spot大小( spot大小范围为100pl-400pl)时，包括我想要听到的流度类别，我想听听它们。

非常感谢。

Answer 1

还不清楚您的问题是关于聚合，还是关于您的(??)IQR的定义。计算IQR的方法很多(参见这和这)。据我所知，他们中没有一个在你的帖子中给出结果。

关于根据光斑大小和摩尔度进行聚合的方法，这里有两种方法：

# use aggregate(...) in base R - will be slow with large datasets
aggregate(Cy3_Fluorescence~Molarity+Spot_Size,df,IQR)
#   Molarity Spot_Size Cy3_Fluorescence
# 1        5     100pl            478.5
# 2       10     100pl            576.0
# 3       25     100pl             65.0
# 4       50     100pl            221.0
# 5      100     100pl            129.0

# use data.table - will be extremely fast.
library(data.table)
setDT(df)[,list(IQR=IQR(Cy3_Fluorescence)),by=list(Molarity,Spot_Size)]
#    Molarity Spot_Size   IQR
# 1:      100     100pl 129.0
# 2:       50     100pl 221.0
# 3:       25     100pl  65.0
# 4:       10     100pl 576.0
# 5:        5     100pl 478.5

Answer 2

我知道这是个旧帖子，但我今天遇到了这个问题，更容易解决：

library(tidyverse)
#get IQR
a <- df %>% group_by(Spot_Size) %>% group_by(Molarity) %>% summarise(IQR(Cy3_Fluorescence))
a <- data.frame(a)
a
#  Molarity IQR.Cy3_Fluorescence.
#        5                 478.5
#       10                 576.0
#       25                  65.0
#       50                 221.0
#      100                 129.0