ggvis:互动情节

Question

我曾经用ggplot2绘制交互图，下面给出了代码。现在，我想用ggvis再现同样的情节，如下所示，这与ggplto2输出不一样。如何使用ggvis获得相同的绘图？

library(ggplot2)
p <- qplot(as.factor(dose), len, data=ToothGrowth, geom = "boxplot", color = supp) + theme_bw()
p <- p + labs(x="Dose", y="Response")
p <- p + stat_summary(fun.y = mean, geom = "point", color = "blue", aes(group=supp))
p <- p + stat_summary(fun.y = mean, geom = "line", aes(group = supp))
p <- p  + theme(axis.title.x = element_text(size = 12, hjust = 0.54, vjust = 0))
p <- p  + theme(axis.title.y = element_text(size = 12, angle = 90,  vjust = 0.25))
print(p)

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library(ggvis)
ggvis(data=ToothGrowth, x= ~as.factor(dose), y= ~len, fill= ~supp, stroke = ~supp) %>% 
  layer_points(shape=~supp) %>% 
  layer_lines(fillOpacity=0)

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Answer 1

在ggvis中实现这一点的基本问题是，没有像ggplot2那样的position = dodge选项，因此不能在相同的x坐标上绘制不同supp值的框图。因此，用x来索引as.factor(dose)轴似乎不是一个选项。然而，我们可以做的是使用一个长度的整数指数，它等于唯一剂量值的数目，然后根据x值手动偏移数据的左或右的supp位置：

library(ggvis)
library(dplyr)
d <- ToothGrowth
d$xpos <- as.integer(factor(d$dose)) + ifelse(d$supp == "OJ", -.2, .2)

因此，我们现在可以使用x = ~xpos在正确的位置绘制盒形图。下一步是定义数据保存方法，用于绘制由直线连接的点。

means <- d %>% group_by(dose, supp) %>% summarise(len = mean(len))
means$xpos <- as.integer(factor(means$dose))
means <- group_by(means, supp) # The grouping is needed for layer_paths()

这个图现在可以作为

ggvis(d, x = ~xpos, y = ~len, stroke = ~supp) %>% 
    layer_boxplots() %>%
    layer_points(data = means, fill := "blue") %>%
    layer_paths(data = means)

现在我们有了这样的问题:图的x位置将在1，2，3，而不是实际的剂量值。这并不是很简单的克服，因为add_axis()给不了重新标记轴线滴答的方法(而且，我们不可能使用实际的剂量值，而不是1，2，3，首先，因为这样会使剂量值0.5和1的方格图比剂量值1和2的剂量图更接近对方)。这可以通过一个不那么优雅的黑客来克服，那就是为每一个剂量值增加一个轴。函数add_axis()提供了一种修改轴属性(其中包括标签)的方法，但是它将对整个轴使用相同的标签，因为这些属性适用于整个轴。因此，通过对每个剂量值添加一个轴，我们可以一个一个地操作标签。这看起来就像

ggvis(d, x = ~xpos, y = ~len, stroke = ~supp) %>% 
    layer_boxplots() %>%
    layer_points(data = means, fill := "blue") %>%
    layer_paths(data = means) %>%
    add_axis("x", title = "Dose", 
        values = c(1, 1), # For some reason values of length 1 don't work...
        properties = axis_props(labels = list(text = "0.5"))) %>%
    add_axis("x", title = "", 
        values = c(2, 2), 
        properties = axis_props(labels = list(text = "1"))) %>%
    add_axis("x", title = "", 
        values = c(3, 3), 
        properties = axis_props(labels = list(text = "2"))) %>%     
    add_axis("y", title = "Response")

或者，您可以使用一个循环来实现这些，这样您就不必一次又一次地键入相同的内容。

labs <- data.frame(dose = unique(d$dose))
labs$xpos <- as.integer(factor(labs$dose))

v <- ggvis(d, x = ~xpos, y = ~len, stroke = ~supp) %>% 
    layer_boxplots() %>%
    layer_points(data = means, fill := "blue") %>%
    layer_paths(data = means) %>%
    add_axis("x", title = "Dose", ticks = 0) %>%
    add_axis("y", title = "Response")

for (i in 1:nrow(labs)) {
    v <- add_axis(v, "x", title = "", values = rep(labs[i, "xpos"], 2),
        properties = axis_props(labels = list(text = as.character(labs[i, "dose"]))))
}

最后的结果如下

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