如何保存通过rgbif下载的单个物种数据？

Question

我有一个物种列表，我想从它们下载发生数据使用rgbif。我试着用两个物种来测试代码，假设当我让它工作的时候，让它工作在实际的(更长的)列表上是没有问题的。下面是我使用的代码：

#Start
library(rgbif)
splist <- c('Acer platanoides','Acer pseudoplatanus')
keys <- sapply(splist, function(x) name_suggest(x)$key[1], USE.NAMES=FALSE)
OS1=occ_search(taxonKey=keys, fields=c('name','key','decimalLatitude','decimalLongitude','country','basisOfRecord','coordinateAccuracy','elevation','elevationAccuracy','year','month','day'), minimal=FALSE,limit=10, return='data')
OS1
#End

这一点几乎是完美的。我得到了按物种划分的两个物种的数据。一个物种缺少了一些列，但我认为这是数据的问题，而不是代码的问题。下一句我试过-

write.csv(OS1, "os1.csv")

当拯救一个单一物种时，效果很好，但不能超过一个。有人能帮忙吗？如何将每个物种的数据保存为单独的文件，同时考虑到我也希望该方法能够为两个以上的物种提供数据？

谢谢!

Answer 1

结果是一个列表，这意味着您可以使用R的函数爬升每个列表元素并保存它。下面的代码提取物种名称(您可能已经将其放置在某个地方)，并使用mapply对物种数据和文件名进行配对，并使用它保存.txt文件。

filenames <- paste(sapply(sapply(OS1, FUN = "[[", "name", simplify = FALSE), unique), ".txt", sep = "")

mapply(OS1, filenames, FUN = function(x, y) write.table(x, file = y, row.names = FALSE))

这类似于for循环解决方案，但有些人可能会认为是更简洁的解决方案。

for (i in 1:length(filenames)) {
  write.table(OS1[[i]], file = filenames[i], row.names = FALSE)
}