无法将HDF5打开到R

Question

我已经成功地加载到rhdf5包中，但是无法打开该文件并创建一个R数据帧。我读过这里 这里和这里，但仍不清楚。我也尝试过hdfdump，但结果是错误的。

如何在HDF5文件中读取？我知道我想要所有的列，不需要分组，而是想要一个完整的数据框架。谢谢

Answer 1

我从h5ex_t_string.h5随机下载了文件“这里”作为一个例子。

读取.h5文件的方法如下：

library(rhdf5)   #load library
h5ls("h5ex_t_string.h5")  #this will show you the name to use below in the argument

> h5ls("h5ex_t_string.h5")
  group name       otype dclass dim
0     /  DS1 H5I_DATASET STRING   4   #so the name is DS1

D = h5read("h5ex_t_string.h5",name='DS1') #use the filename and the name to read file

> D   #Weird message in the file but I randomly downloaded it 
[1] "Parting" "is such" "sweet  " "sorrow."

h5read函数返回一个数组，如果您愿意，可以将其转换为data.frame。

> a<-data.frame(D)
> a
        D
1 Parting
2 is such
3 sweet  
4 sorrow.