从RJDBC调用RJDBC库时rJava失败

Question

目标:与OpenCPU AJAX调用一起使用OpenCPU。

用例:，我需要连接Apache凤凰数据库并获取一些数据。根据这些数据，我应该做分析。因此，要与菲尼克斯连接，我使用的是rjdbc(菲尼克斯不支持任何其他连接选项)。

环境: public.opencpu.org

以下是我所尝试的：

html

<textarea>
library(RJDBC)
.. do some data fetching and then r statistics
</textarea>
<br />
<button id="submitbutton" >Execute</button>
<br />
<br />
<div id="output">
</div>

javascript

<script type="text/javascript">
  //When Document is Ready
    $(function () {
        var baseurl = "https://public.opencpu.org";
        //because identity is in base
        ocpu.seturl(baseurl+"/ocpu/library/base/R");
        //actual handler
        $("#submitbutton").on("click", function(){
            //arguments
            var mysnippet = new ocpu.Snippet($("#input").val());
            //perform the request
            var req = ocpu.call("identity", {
                "x" : mysnippet
            }, function(session){
                session.getStdout(function(outtxt){
                        $("#output-txt").text(outtxt);   
                });
            });   
            //if R returns an error, alert the error message
            req.fail(function(){
                alert("Server error: " + req.responseText);
                $("#output").hide();
            });      
            req.always(function(){
                $("button").removeAttr("disabled");  
            });
        });    
    });

</script>

场景

当我单击“执行”按钮时，从文本区域(此处库(RJDBC)和一些db操作)获取用户输入的值，并发送ajax post并以以下错误进行响应

google铬控制台日志:

POST https://public.opencpu.org/ocpu/library/base/R/identity 400 (Bad Request) 
OpenCPU error HTTP 400
package 'rJava' could not be loaded

希望这能让我们更清楚。

需要确认rJava是否与OpenCPU一起工作，如果是这样的话，是否有可能解决这个问题？

Answer 1

我的解决方案的核心如下所示。代码是从具有某些日志记录的R6类中提取的。为了记录正在发生的事情，我在private$log命令中留下了一些内容，但如果运行此代码的某个版本，您可能会忽略它。类似地，有些函数的调用并不需要完成工作，我将主机信息打包到列表中，而不是传递密码等的单个变量。简而言之，我在这里提供的代码是不可复制的。

但是，我在这个要旨提供的代码应该是可复制的(一旦您提供了数据库连接，classPath和driverClass)。这个要点已经进行了0次清理，所以里面有大量的代码，严格地说，这对完成工作来说是多余的。这些代码中没有一个是漂亮的、优雅的等等--通常我对它感到羞愧，但本着共享的精神，我还是把它放在了上面。

解释性代码段：

        jvmNode <- makeCluster(1, methods=FALSE, port = sample(11000:11999,1), rscript_args="--vanilla")
          connected <- isTRUE(try(clusterEvalQ(jvmNode, 2)==2, silent=TRUE))
        private$log$finest("forkable node started")
        clusterEvalQ(jvmNode,{library(DBI);library(rJava);library(RJDBC)})

        clusterEvalQ(jvmNode, systemRAMFree <- function() {
  #in GB, platform dependent 
  as.numeric(system('FREE_KB=$(($(echo `sed -n \'2p;3p;4p\' <  /proc/meminfo | sed "s/ \\+/ /g" | cut -d\' \' -f 2 ` | sed "s/ /+/g")));echo $FREE_KB', intern=TRUE))/1024/1024
})       
        clusterEvalQ(jvmNode, options(java.parameters = paste0("-Xmx",systemRAMFree(),"g")))

        hostInformation <- private$hostInformation
        classPath <- "~/redshift/redshiftJDBC41.jar"
        driverClass <- private$driverClass
        java.parameters <- getOption("java.parameters")
        toExportList <- list(statement,driverClass, classPath, hostInformation, java.parameters)
        names(toExportList) <- c("statement","driverClass","classPath", "hostInformation", "java.parameters")
        toExport <- as.environment(toExportList)
        clusterExport(jvmNode, ls(toExport), envir=toExport)
        clusterEvalQ(jvmNode, options(java.parameters = java.parameters))

        clusterEvalQ(jvmNode, rJava::.jinit())
        private$log$finest("JVM Started")
        clusterEvalQ(jvmNode, drv <- RJDBC::JDBC(driverClass, classPath))
        private$log$finest("Driver obtained")

        clusterEvalQ(jvmNode, conn <- dbConnect(drv, 
                                       url = hostInformation$host, 
                                       user = hostInformation$user, 
                                       password = hostInformation$password))
        private$log$debug(logPrefix("query:", statement))
        result <- try(clusterEvalQ(jvmNode, dbGetQuery(conn, statement))[[1]])
        clusterEvalQ(jvmNode, dbDisconnect(conn))
        stopCluster(jvmNode)