R循环打开文件

Question

我试图运行一个简单的5行命令，但超过9000多个不同的文件。我编写了下面的for循环

setwd("/Users/morandin/Desktop/Test")
output_file<- ("output_file.txt")
files <- list.files("/Users/morandin/Desktop/Test")
for(i in files) {
  chem.w.in <- scan(i, sep=",")
  pruned.tree<-drop.tip(mytree,which(chem.w.in %in% NA))  
  plot(pruned.tree)
  pruned.tree.ja.chem.w.in <- phylo4d(pruned.tree, c(na.omit(chem.w.in)))
  plot(pruned.tree.ja.chem.w.in) 
  out <- abouheif.moran(pruned.tree.ja.chem.w.in)
  print(out)
}

嘿，我正在编辑我的问题:上面的代码现在完美地完成了for循环(谢谢您的帮助)。我的输出仍有问题。

我可以通过bash命令使用R重定向整个输出，但是我需要处理文件的名称。我的输出如下：

class: krandtest 
Monte-Carlo tests
Call: as.krandtest(sim = matrix(res$result, ncol = nvar, byrow = TRUE), 
    obs = res$obs, alter = alter, names = test.names)

Number of tests:   1 

Adjustment method for multiple comparisons:   none 
Permutation number:   999 
  Test       Obs   Std.Obs   Alter Pvalue
1   dt 0.1458514 0.7976225 greater    0.2

other elements: adj.method call

是否有方法打印Pvalue结果和文件名称(元素i)?？

谢谢

Answer 1

由于Paul Hiemstra's answer回答了#1，下面是对#2的回答，假设“应答”指的是“abouheif.moran(pruned.tree.ja.chem.w.in)的打印输出”。

将cat()与参数append = true一起使用。例如：

output_file = "my_output_file.txt"
for(i in files) {
    # do stuff
    # make plots
    out <- abouheif.moran(pruned.tree.ja.chem.w.in)
    out <- sprintf("-------\n  %s:\n-------\n%s\n\n", i, out)
    cat(out, file = output_file, append = TRUE)
}

这将生成一个名为my_output_file.txt的文件，其外观如下：

-------
file_1:
-------
output_goes_here

-------
file_2:
-------
output_goes_here

显然，格式化完全取决于您；我只是想演示一下这里可以做些什么。

另一种解决方案是对整个脚本进行sink()，但我更愿意明确地说明这一点。中间路线可能是sink()代码的一小部分，但除非在极端情况下，这是一个偏好或风格的问题。

Answer 2

我怀疑这里发生的问题是，list.files()默认只返回文件名的列表，而不是文件的整个路径。将full.names设置为TRUE将解决此问题。注意，您不必添加txt，添加文件名，因为list.files()已经返回到现有文件的完整路径。