Biopython :获取resseq

Question

我从pdb文件中分析了一个残留物列表：

res_list=PDB.Selection.unfold_entities(Find_chain(par), 'R')

(Find_chain是一个选择我需要的链的函数)，我正在对所有的残差做一个循环，计算每个残余物的特定因子。但是我也需要"resseq“(因为，如果我理解的话，它就是pdb文件中报告的剩余数)。如果我做了

for residue in res_list:
   print residue

我得到了

<Residue SER het=  resseq=1 icode= >
<Residue GLN het=  resseq=2 icode= >
<Residue ALA het=  resseq=3 icode= >...

但是我找不到一个函数来访问"resseq“之后的数字。我知道我可以操纵字符串，但我想知道是否有一个Biopython函数来得到它！谢谢!

Answer 1

剩馀对象有一个属性segid，它是一个在创建时传递的带有回标、resseq和icode的元组。因此，我想您可以访问resseq：

resseq = residue.segid[1]

但是，“正确”的方法可能是使用来自Entity对象的Entity方法，Residue继承了该方法：

resseq = residue.get_full_id()[3][1]

# OR if you need the chain, model or structure, load all of them to a variable

residue_id = residue.get_full_id()
resseq = residue_id[3][1]