MPI_Scatterv:仅在进程0上分割故障11

Question

我试图在属于超级多维数据集组(快速排序项目)的进程之间分散值。根据进程的数量，我要么创建一个新的通信器，排除过多的进程，要么复制MPI_COMM_WORLD，如果它恰好适合任何超立方体(幂为2)。

在这两种情况下，除0之外的进程都接收它们的数据，但是：-在第一种情况下，进程0抛出一个分段错误11 --在第二种情况下，没有任何错误，但是进程0接收到的值是胡言乱语。

注意:如果我尝试一个常规的MPI_Scatter，一切都很好。

//Input
vector<int> LoadFromFile();

int d;                      //dimension of hypercube
int p;                      //active processes
int idle;                   //idle processes 
vector<int> values;         //values loaded
int arraySize;              //number of total values to distribute

int main(int argc, char* argv[])
{       
int mpiWorldRank;
int mpiWorldSize;

int mpiRank; 
int mpiSize;

MPI_Init(&argc, &argv);

MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &mpiWorldRank);
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &mpiWorldSize);
MPI_Comm MPI_COMM_HYPERCUBE;

d = log2(mpiWorldSize);     
p = pow(2, d);                  //Number of processes belonging to the hypercube
idle = mpiWorldSize - p;        //number of processes in excess
int toExclude[idle];            //array of idle processes to exclude from communicator
int sendCounts[p];              //array of values sizes to be sent to processes

//
int i = 0;
while (i < idle)
{
    toExclude[i] = mpiWorldSize - 1 - i;
    ++i;
}

//CREATING HYPERCUBE GROUP: Group of size of power of 2 -----------------
MPI_Group world_group;
MPI_Comm_group(MPI_COMM_WORLD, &world_group);

// Remove excessive processors if any from communicator
if (idle > 0)
{
    MPI_Group newGroup;     
    MPI_Group_excl(world_group, 1, toExclude, &newGroup);
    MPI_Comm_create(MPI_COMM_WORLD, newGroup, &MPI_COMM_HYPERCUBE);
    //Abort any processor not part of the hypercube.    
    if (mpiWorldRank > p)
    {
        cout << "aborting: " << mpiWorldRank <<endl;
        MPI_Finalize();
        return 0;
    }   
}   
else 
{
    MPI_Comm_dup(MPI_COMM_WORLD, &MPI_COMM_HYPERCUBE);
}

MPI_Comm_rank(MPI_COMM_HYPERCUBE, &mpiRank);
MPI_Comm_size(MPI_COMM_HYPERCUBE, &mpiSize);
//END OF: CREATING HYPERCUBE GROUP --------------------------

if (mpiRank == 0)
{
    //STEP1: Read input
    values = LoadFromFile();
    arraySize = values.size();
}

//Transforming input vector into an array
int valuesArray[values.size()];
if(mpiRank == 0)
{
    copy(values.begin(), values.end(), valuesArray);
}

//Broadcast input size to all processes
MPI_Bcast(&arraySize, 1, MPI_INT, 0, MPI_COMM_HYPERCUBE);

//MPI_Scatterv: determining size of arrays to be received and displacement
int nmin = arraySize / p;
int remainingData = arraySize % p;
int displs[p];
int recvCount;

int k = 0;
for (i=0; i<p; i++)
{
    sendCounts[i] = i < remainingData
        ? nmin+1
        : nmin;
    displs[i] = k;
    k += sendCounts[i];
}

recvCount = sendCounts[mpiRank];
int recvValues[recvCount];

//Following MPI_Scatter works well:     
// MPI_Scatter(&valuesArray, 13, MPI_INT, recvValues , 13, MPI_INT, 0, MPI_COMM_HYPERCUBE);

MPI_Scatterv(&valuesArray, sendCounts, displs, MPI_INT, recvValues , recvCount, MPI_INT, 0, MPI_COMM_HYPERCUBE);

int j = 0;
while (j < recvCount)
{
    cout << "rank " << mpiRank << " received: " << recvValues[j] << endl;
    ++j;
}   

MPI_Finalize();
return 0;
}

Answer 1

首先，您向MPI_Group_excl提供了错误的参数

MPI_Group_excl(world_group, 1, toExclude, &newGroup);
//                          ^

第二个参数指定排除列表中的条目数，因此应该等于idle。因为您只排除了一个级别，因此生成的组具有mpiWorldSize-1级别，因此MPI_Scatterv希望sendCounts[]和displs[]都有这么多元素。在这些元素中，只有p元素被正确初始化，其余元素是随机的，因此MPI_Scatterv在根中崩溃。

另一个错误是中止空闲进程的代码:它应该读取if (mpiWorldRank >= p)。

我建议将整个排除代码替换为对MPI_Comm_split的单个调用：

MPI_Comm comm_hypercube;
int colour = mpiWorldRank >= p ? MPI_UNDEFINED : 0;

MPI_Comm_split(MPI_COMM_WORLD, colour, mpiWorldRank, &comm_hypercube);
if (comm_hypercube == MPI_COMM_NULL)
{
   MPI_Finalize();
   return 0;
}

当没有进程提供MPI_UNDEFINED作为其颜色时，调用等同于MPI_Comm_dup。

请注意，您应该避免在以MPI_开头的代码名中使用，因为这些名称可能与MPI实现中的符号发生冲突。

附加注意：std::vector<T>使用连续存储，因此无需将元素复制到常规数组中，只需提供调用MPI_Scatter(v)中的第一个元素的地址即可。

MPI_Scatterv(&values[0], ...);