如何创建包含两个数据的成对比的矩阵？

Question

我有两个数据帧，一个包含基因的表达值(n=2000)，另一个包含microRNA (n=350)的表达值。我要计算每个microRNA与每个基因的比率，然后将其可视化。

以下是我正在做的事情：

我首先创建了一个空的数据帧。

m <- as.data.frame(matrix(0, ncol = 350, nrow = 2000))

这三个数据帧是m，(2000,350) control.mRNA (2000，1)和control.miRNA (350，1).

现在我正在计算它们之间的比率，并将值填充到空的dataframe中。

for (i in 1:nrow(control.mRNA)) {
  for (j in 1:nrow(control.miRNA)) {
    m[i,j] <- control.miRNA[j]/control.mRNA[i]
  }
}

但这不管用。对于乘法，有函数“交叉”，但我没有找到任何除法。

Answer 1

你可以用outer。下面是一个simpl( is )e示例：

u <- 1:5
v <- c(3,7)

outer(u, v, "/")

结果是一个矩阵，其中5列(u中的coefs #)，2列(v中的coefs )列，系数为u[i] / v[j]，行i和col j。为了使u[j] / v[i]位于行i和col j中，您可以使用t (换位操作符)：

M1 <- t(outer(u, v, "/"))

@影子明智地指出，outer将向量作为参数，而不是矩阵。这可以通过首先将矩阵转换为向量来轻松地处理。

让我们以前面相同的例子为例，但是对于U和V两个矩阵，而不仅仅是向量：

U <- matrix(1:5)
V <- matrix(c(3,7))
M2 <- t( outer(drop(U), drop(V), "/") )

另一种解决方案是稍微转换U和V，并使用矩阵乘法运算符%*%。

M3 <- t( U %*% t(1/V) )