Python:测试int列表中的int是否适合于2-int元组列表中的两个int。

Question

背景:小鼠遗传学，我想计数两个实验室菌株之间的#突变，这取决于它们是否落在外显子边界内。

到目前为止，我生成了两个列表：

SNPs = [432, 534, 677, 788, 999]等~2e7值总计

exon_limits = [(3, 6), (42, 444), (679, 999)]等~5e5值总计

我只想计算属于外显子限制(list2)的SNP(SNP)的数量。这是我的代码：

exonic = 0
non_exonic = 0
for k, l in exon_limits:
    for j in SNPs:
        if j <= k or j >= l:
            exonic += 1
        else:
            non_exonic += 1

我对计算机科学的极限不太了解，但是第二季第七*第五集可能是太难处理了，对吧？此外，我还试图：

exonic = 0
non_exonic = 0
for k, l in exon_limits:
    for j in SNPs:
        if j <= k or j >= l:
            exonic += 1
            print exonic
        else:
            non_exonic += 1

要了解python算法在哪里，但是在我中断程序之前，它似乎只是从7e6的0 ->上计算出来。

每个SNP只适合于一个元组，因此，如果有一种方法，使迭代停止，一旦它发现一个命中，将加快速度。任何帮助都将不胜感激！

Answer 1

假设外显子限制具有包容性且不能重叠，并且两个列表都按升序排列：

exonic = 0
snp_l = len(SNPs)
exon_l = len(exon_limits)
snp_idx = 0
exon_idx = 0

while snp_idx < snp_l and exon_idx < exon_l:
    if SNPs[snp_idx] < exon_limits[exon_idx][0]:
        snp_idx += 1
    elif SNPs[snp_idx] > exon_limits[exon_idx][1]:
        exon_idx += 1
    else:
        exonic += 1
        snp_idx += 1

non_exonic = snp_l - exonic

Answer 2

要回答您的问题:有两个命令要从循环中分离出来。continue将继续使用下一个元素，break将保留整个循环。两种方法都只适用于最内部的循环。

此外，与其循环遍历范围列表，还应该使用类似树的结构，这样可以轻松找到与值匹配的范围。