fread:找不到文件

Question

我试图使用fread从data.table包中打开一个2.2G文件，但仍然会出现相同的错误(对于其他文件，这些文件不太困难)：

library(data.table)
data.table 1.9.4  For help type: ?data.table
*** NB: by=.EACHI is now explicit. See README to restore previous behaviour.

train  = data.table::fread('train.csv')

Error in data.table::fread("train.csv") : file not found: train.csv

当然，文件是存在的(read.csv()工作，但非常慢)。我在i686上运行Ubuntu12.04LTS。感谢你的帮助！

注意到：我正在试图读取的文件是‘tra.gz’，可以在：https://www.kaggle.com/c/tradeshift-text-classification/data找到。

这是一个2.2G的csv文件，非常标准。

编辑:当我使用verbose=TRUE时，它说：

Input contains no \n. Taking this to be a filename to open

Answer 1

为了结束这个话题:我把我的Ubuntu升级到x86-64，现在fread工作得很好。

只是一个总结，以帮助开发人员：

1-下载了一个大型文件(本例中为2.2g)

2-尝试使用fread读取，并获得错误：file not found: train.csv

我使用的是Ubuntu12.04LTS x86和R上一个稳定版本。

正如所指出的，较小的文件在这个场景中工作(~731 MB)。无论如何，谢谢你的帮助！

Answer 2

要在32位Linux系统上打开大文件，需要向O_LARGEFILE函数提供一个fread选项，而fread不这样做。这是一个实际失败的open调用，但错误地报告为“文件未找到”错误。

启用大型文件支持的另一种方法是在安装包时将一个-D_FILE_OFFSET_BITS=64选项传递给编译器。卸载并删除data.table，将以下内容放入~/.R/Makevars

CFLAGS=-D_FILE_OFFSET_BITS=64

然后发布R CMD INSTALL /path/to/data.table_X.Y.Z.tar.gz。新安装的软件包将在32位系统上成功地打开大文件。