semPaths {semPlot}中的排除节点

Question

我想和R画一条缝路。

我使用semPaths {semPLot}从Mplus中提取的OUT文件。

很明显，它似乎起作用了，但我想删除一些潜在的变量，但我不知道怎么做。

我使用以下语法：

走出Mplus：https://www.dropbox.com/s/vo3oa5fqp7wydlg/questedMOD2.out?dl=0

outfile1 <- "questedMOD.out"

semPaths(outfile1，what="est"，intercepts=FALSE，rotation=4，edge.color="black"，sizeMan=5，esize=TRUE，structural="TRUE"，layout="tree2"，nCharNodes=0，intStyle="multi“)

Answer 1

可能有一种更简单的方法来做到这一点(如果这样做是明智的，就忽略它)--您可以这样做的一种方法是在绘图之前从对象中删除节点。

使用问题Rotate Edges in semPaths/qgraph中的Mplus示例

library(qgraph)
library(semPlot)
library(MplusAutomation)

# This downloads an output file from Mplus examples
download.file("http://www.statmodel.com/usersguide/chap5/ex5.8.out", 
                                        outfile <- tempfile(fileext = ".out"))

# Unadjusted plot
s <- semPaths(outfile, intercepts = FALSE)

​

​

在上面对semPaths的调用中，outfile属于character类，所以行(semPaths的代码开始附近)

 if (!"semPlotModel" %in% class(object)) 
                    object <- do.call(semPlotModel, c(list(object), modelOpts))  

从semPlot:::semPlotModel.mplus.model(outfile)返回对象。这是"semPlotModel"类的。

因此，我们的想法是首先创建这个对象，修改它，然后将这个对象传递给semPaths。

# Call semPlotModel on your Mplus file
obj <- semPlot:::semPlotModel.mplus.model(outfile)
# obj <- do.call(semPlotModel, list(outfile)) # this is more general / not just for Mplus

# Remove one factor (F1) from object@Pars - need to check lhs and rhs columns
idx <- apply(obj@Pars[c("lhs", "rhs")], 1, function(i) any(grepl("F1", i)))
obj@Pars <- obj@Pars[!idx, ]

class(obj)

obj现在属于"semPlotModel"类，可以直接传递给semPaths

s <- semPaths(obj, intercepts = FALSE)

​

​

可以使用str(s)查看此返回对象的结构。

Answer 2

假设您使用下面的半路径代码打印SEM

semPaths(obj, intercepts = FALSE)%>%
   plot()

您可以使用以下函数删除任何节点的标签：

remove_nodes_and_edges <- function(semPaths_obj,node_tbrm_vec){
   
   relevent_nodes_index <- semPaths_obj$graphAttributes$Nodes$names %in% node_tbrm_vec

   semPaths_obj$graphAttributes$Nodes$width[relevent_nodes_index]=0

   semPaths_obj$graphAttributes$Nodes$height[relevent_nodes_index]=0
   
   semPaths_obj$graphAttributes$Nodes$labels[relevent_nodes_index]=""

   return(semPaths_obj)

}

并以下列方式在绘图管道中使用此函数

semPaths(obj, intercepts = FALSE) %>%
   remove_nodes_and_edges(c("Y1","Y2","Y3")) %>%
   plot()