我正在尝试使用笑脸规范解析OpenSMILES字符串。
语法:
grammar SMILES;
atom: bracket_atom | aliphatic_organic | aromatic_organic | '*';
aliphatic_organic: 'B' | 'C' | 'N' | 'O' | 'S' | 'P' | 'F' | 'Cl' | 'Br' | 'I';
aromatic_organic: 'b' | 'c' | 'n' | 'o' | 's' | 'p';
bracket_atom: '[' isotope? symbol chiral? hcount? charge? atom_class? ']';
symbol: element_symbols | aromatic_symbols | '*';
isotope: NUMBER;
element_symbols: UPPER_CASE_CHAR LOWER_CASE_CHAR?;
aromatic_symbols: 'c' | 'n' | 'o' | 'p' | 's' | 'se' | 'as';
chiral: '@'
| '@@'
| '@TH1' | '@TH2'
| '@AL1' | '@AL2'
| '@SP1' | '@SP2' | '@SP3'
| '@TB1' | '@TB2' | '@TB3' | DOT DOT DOT | '@TB29' | '@TB30'
| '@OH1' | '@OH2' | '@OH3' | DOT DOT DOT | '@OH29' | '@OH30';
hcount: 'H' | 'H' DIGIT;
charge: '-'
| '-' DIGIT
| '+'
| '+' DIGIT
| '--'
| '++';
atom_class:':' NUMBER;
bond: '-' | '=' | '#' | '$' | ':' | '/' | '\\';
ringbond: (bond? DIGIT | bond? '%' DIGIT DIGIT);
branched_atom: atom ringbond* branch*?;
branch: '(' chain ')' | '(' bond chain ')' | '(' dot chain ')';
chain: branched_atom
| chain branched_atom
| chain bond branched_atom
| chain dot branched_atom;
dot: '.';
DOT: .;
DIGIT: [0-9];
NUMBER: DIGIT+;
UPPER_CASE_CHAR: [A-Z];
LOWER_CASE_CHAR: [a-z];
ONE_TO_NINE: [1-9];
smiles: chain;
WS: [ \t\n\r]+ -> skip ;当尝试使用AntlrWorks2 2的TestRig解析以下内容时:
CCc(c1)ccc2[n+]1ccc3c2Nc4c3cccc4打印下列错误(缩写为简洁):
line 1:5 extraneous input '1' expecting {'*', '[', 'N', 'O', 'I', 'S', '%', ')',..., DIGIT}
...
line 1:31 extraneous input '4' expecting {<EOF>, '*', '[', 'N', 'O',..., DIGIT}在字符串中遇到的每个数字都会发生这种情况。
编辑1
按照@Lucas Trzesniewski的建议,修正了DOT规则之后,extraneous input错误消失了。然而,当测试不同的微笑字符串时,现在出现了一个新的错误。
例如,测试:
[Cu+2].[O-]S(=O)(=O)[O-]产生错误:
line 1:1 no viable alternative at input 'C'编辑2
编辑1的问题是由于我的element_symbols规则造成的。使用文字符号字符串似乎解决了这个问题。
element_symbols: 'H' | 'He' | 'Li' | 'Be' | 'B' | 'C' | 'N' | 'O' | 'F' | 'Ne' | //...and so on发布于 2014-10-05 19:10:23
你的规则是错的。
第一个错误:
DOT: .;这是个完美无缺的案子。你真正的意思是:
DOT: '.';第二个错误:您被以下规则搞混了:
DIGIT: [0-9];
NUMBER: DIGIT+;
ONE_TO_NINE: [1-9];ONE_TO_NINE永远不会与任何东西相匹配,因为它包含在DIGIT中,而DIGIT首先出现。因为从来没有使用过ONE_TO_NINE规则,所以您应该简单地删除它。
然后,解析器规则中的DIGIT DIGIT之类的内容也不匹配,如果您期望有一个2位数的数字,那么您将在那里得到一个NUMBER令牌,除非您用空格分隔数字(我不知道您在那里的真正意思是什么,也许这不是错误)。
https://stackoverflow.com/questions/26206148
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