从成对比较列表中创建矩阵

Question

有人很好地解决了我的第一个问题(在一个矩阵集合的"all vs all“组合上使用了一个函数)：

library(vegan)
#by Akrun

A <- matrix(sample.int(100, size = 50*50, replace = TRUE), nrow = 50, ncol = 50)
B <- matrix(sample.int(100, size = 50*50, replace = TRUE), nrow = 50, ncol = 50)
C <- matrix(sample.int(100, size = 50*50, replace = TRUE), nrow = 50, ncol = 50)

Obj1 <- vegdist(decostand(A,"standardize",MARGIN=2), method="euclidean")
Obj2 <- vegdist(decostand(B,"standardize",MARGIN=2), method="euclidean")
Obj3 <- vegdist(decostand(C,"standardize",MARGIN=2), method="euclidean")


names1 <- ls(pattern="Obj")
Cmb1 <- combn(names1, 2)
lapply(split(Cmb1, col(Cmb1)), function(x) unlist(mantel(get(x[1]), get(x[2]))[3:4]))

这将产生一个结果列表，例如：

$`1`
 statistic     signif 
0.03006202 0.4070000

有两个问题：

1. 我是否可以用"$“将比较对象的两个名称写入行中？使用 拆分(Cmb1，col(Cmb1) )

名字是可以得到的。

1. 更好的是，是否可以以某种方式为n个对象创建一个包含n行和列的矩阵并填充它的统计值？

谢谢你慢慢来。

Answer 1

这就是你想要的吗？

(使用tmp

tmp <- sapply(split(Cmb1, col(Cmb1)),
              function(x) unlist(mantel(get(x[1]), get(x[2]))[3:4]))

注意到这是一个sapply()调用，因此更容易提取statistic数据。)

## zero matrix to fill in - change 0 to be what you want on diagonal
mstat <- matrix(0, ncol = 3, nrow = 3)
## directly fill lower triangle of matrix
mstat[lower.tri(mstat)] <- tmp[1, , drop = TRUE]
## need to transpose
tmstat <- t(mstat)
## then fill in lower triangle again, to get correct order
tmstat[lower.tri(tmstat)] <- tmp[1, , drop = TRUE]
## transpose back
mstat <- t(tmstat)
## add on identifiers
colnames(mstat) <- rownames(mstat) <- names1

> mstat
            Obj1        Obj2       Obj3
Obj1  0.00000000 -0.04570113 0.03407708
Obj2 -0.04570113  0.00000000 0.04781475
Obj3  0.03407708  0.04781475 0.00000000