如何同时处理两个FASTA发生器

Question

这看似微不足道，但却给了我一段艰难的时光。我只想同时处理两个fasta生成器，以便将一个文件的第一个头和序列与另一个文件的第一个头和序列、第二个到第二个文件的顺序进行比较，直到两个文件都完成为止。

这两个fasta文件都有相同的序列数，它们被排序为一对的2读，例如fasta1的第一序列和fasta 2的第一序列是读对等，直到文件结束。

我有一个生成器，它为fasta文件的每个序列提供了头和序列。

def fileParse (self):
    # get file from __init__ and open.
    # parse header and sequence
    yield (header, sequence)

但是，我似乎不知道如何同时迭代两个文件。我从这个开始：

# x class variable sends first fasta
# y class variable sends second fasta 
for header, sequence in x.fileParse():
    for header2, sequence2 in y.fileParse():
        # compare headers and evaluate.

显然，这里的问题是，我比较了一个文件中的每个头和另一个文件中的每个头，其中我只想比较第一个头和第一个头，第二个头到第二个头，等等。

我遇到了困难，因为似乎我总是需要迭代生成器。也许我需要调整genrator方法本身来为两个文件同时生成一个头和序列？

谢谢

Answer 1

我相信zip是你要找的东西：

for (h1, s1), (h2, s2) in zip(x.fileParse(), y.fileParse()):

zip是通过一个例子最容易理解的：

In [43]: range(5)
Out[43]: [0, 1, 2, 3, 4]

In [44]: range(3,8)
Out[44]: [3, 4, 5, 6, 7]

In [45]: zip(range(5), range(3,8))
Out[45]: [(0, 3), (1, 4), (2, 5), (3, 6), (4, 7)]

P.S.你的问题暗示你自己正在实施一个fasta阅读器。如果是这样的话，您可能想看看BioPython的SeqIO