是否可以使用R中的hdf5文件中的rhdf5更新数据集维度？

Question

我试图在一个hdf5文件中的一个组中更新7个数据集，但是更新后的数据集与原始数据集有不同的尺寸(但是相同的维度，即1D、2D和3D)。是否有方法更改维度属性以更新数据集？或者，我可以删除前一个组，然后在它所在的位置创建一个新组吗？我不希望重建整个h5文件(创建文件、创建组、创建数据集)，因为它非常复杂。

我使用的是R.

示例数据：

# load package from bioconductor
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("rhdf5")
library(rhdf5)

# create new h5 file and populate
created = h5createFile('example.h5')
created = h5createGroup('example.h5','foo')
h5write(matrix(1:10, nr=5, nc=2), 'example.h5', 'foo/A')

# updating dataset with data of same dimension is successful
h5write(matrix(11:20, nr= 5, nc = 2), 'example.h5', 'foo/A') 

# updating dataset with data of different dimension fails
h5write(matrix(1:12, nr= 6, nc = 2), 'example.h5', 'foo/A')

注意:过去我从hdf5文件中读取数据，但这是我第一次将数据写回文件中，所以这可能是一个天真的期望。

Answer 1

不幸的是，HDF5数据集的最大大小在创建时是固定的，以后不能增加。您至少需要重新创建要扩展的数据集。

HDF5确实允许您“删除”数据集，但这只涉及断开它，即它变得不可访问，但空间没有回收。然而，rhdf5似乎没有为此提供接口。更熟悉rhdf5的人可能会在那里帮助你。

您可以在rhdf5中设置最大大小

h5createDataset('example.h5', 'foo/A', c(10), maxdims=c(12))

来自rhdf5参考手册 (PDF)。如果您想要一个无限的maxdim，就需要更多的内容:首先必须使用HDF5常量创建一个数据空间，然后使用它来创建数据集。