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社区首页 >问答首页 >在两个文件中映射名称并获取一个文件

问在两个文件中映射名称并获取一个文件
EN

Stack Overflow用户
提问于 2014-09-09 07:23:13
回答 3查看 104关注 0票数 2

我有两个文件，文件A如下所示：

代码语言：javascript
复制
>MA0003.1_TFAP2A
5.4052885343e-06    5.4052885343e-06    0.999983784134  5.4052885343e-06
5.4052885343e-06    0.999983784134  5.4052885343e-06    5.4052885343e-06
5.4052885343e-06    0.999983784134  5.4052885343e-06    5.4052885343e-06
0.118921753043  0.383780891224  0.248648677866  0.248648677866
0.10270588744   0.308106851744  0.329728005881  0.259459254935
0.0486530020973 0.421617910964  0.427023199498  0.10270588744
>MA0004.1_Arnt
0.200009998 0.799890021996  4.99900019996e-05   4.99900019996e-05
0.949860027994  4.99900019996e-05   0.0500399920016 4.99900019996e-05
4.99900019996e-05   4.99900019996e-05   4.99900019996e-05   0.999850029994
4.99900019996e-05   4.99900019996e-05   0.999850029994  4.99900019996e-05
>MA0006.1_Arnt::Ahr
0.125020829862  0.333319446759  0.0833611064823 0.458298616897
4.16597233794e-05   4.16597233794e-05   0.95821529745   0.0417013831028
4.16597233794e-05   0.95821529745   4.16597233794e-05   0.0417013831028
 >MA0006.1_Arntr
0.125020829862  0.333319446759  0.0833611064823 0.458298616897
4.16597233794e-05   4.16597233794e-05   0.95821529745   0.0417013831028
4.16597233794e-05   0.95821529745   4.16597233794e-05   0.0417013831028
 >MA0006.1_ArntAh
0.125020829862  0.333319446759  0.0833611064823 0.458298616897
4.16597233794e-05   4.16597233794e-05   0.95821529745   0.0417013831028
 4.16597233794e-05  0.95821529745   4.16597233794e-05   0.0417013831028
>MA0006.1_Arnt::A
0.125020829862  0.333319446759  0.0833611064823 0.458298616897
4.16597233794e-05   4.16597233794e-05   0.95821529745   0.0417013831028
4.16597233794e-05   0.95821529745   4.16597233794e-05   0.0417013831028

文件B，它看起来如下(请注意，fileB也有空格，每一行的最后一个字都很重要)：

代码语言：javascript
复制
AP-2    TFAP2A
AXUD class 1    Arnt
AXU 2   Arnt::Ahr
AXU  Arntr
AXU ArntAh
AXU Arnt::A

我希望第三个文件是文件A和B的组合，以便调整从文件A开始的名称头，如下所示：

代码语言：javascript
复制
>AP-2
5.4052885343e-06    5.4052885343e-06    0.999983784134  5.4052885343e-06
5.4052885343e-06    0.999983784134  5.4052885343e-06    5.4052885343e-06
5.4052885343e-06    0.999983784134  5.4052885343e-06    5.4052885343e-06
0.118921753043  0.383780891224  0.248648677866  0.248648677866
0.10270588744   0.308106851744  0.329728005881  0.259459254935
0.0486530020973 0.421617910964  0.427023199498  0.10270588744
>AXUD class 1
0.200009998 0.799890021996  4.99900019996e-05   4.99900019996e-05
0.949860027994  4.99900019996e-05   0.0500399920016 4.99900019996e-05
4.99900019996e-05   4.99900019996e-05   4.99900019996e-05   0.999850029994
4.99900019996e-05   4.99900019996e-05   0.999850029994  4.99900019996e-05
>Axu 2
0.125020829862  0.333319446759  0.0833611064823 0.458298616897
4.16597233794e-05   4.16597233794e-05   0.95821529745   0.0417013831028
4.16597233794e-05   0.95821529745   4.16597233794e-05   0.0417013831028

What I have done接受文件A并提取第二个名称，该名称由下划线(_)分隔，如下所示：

代码语言：javascript
复制
awk '/>/' <input_for_clustering.pwm | tr '_' '\t' | awk '{print $2}' > temp

然后在B文件中检查第二个文件中是否存在这些名称并提取它，如下所示：

代码语言：javascript
复制
for i in `cat temp`
   do
         cat fileB | awk '{ if (($2=="'$i'")) {print $1 }}'>>data_res

       done

现在的问题是如何编辑文件A？

请帮帮忙。

我希望，我展示了我所付出的努力和想法。

bash
perl
awk
EN

回答 3

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2014-09-09 07:42:24

试试这个：

代码语言：javascript
复制
awk 'NR==FNR{z=$NF;$NF="";a[z]=$0;next}
     /^>/{split($0,b,"_");if (b[2] in a){print ">"a[b[2]]}next}1' fileB fileA

结果：

代码语言：javascript
复制
>AP-2 
5.4052885343e-06    5.4052885343e-06    0.999983784134  5.4052885343e-06
5.4052885343e-06    0.999983784134  5.4052885343e-06    5.4052885343e-06
5.4052885343e-06    0.999983784134  5.4052885343e-06    5.4052885343e-06
0.118921753043  0.383780891224  0.248648677866  0.248648677866
0.10270588744   0.308106851744  0.329728005881  0.259459254935
0.0486530020973 0.421617910964  0.427023199498  0.10270588744
>AXUD class 1 
0.200009998 0.799890021996  4.99900019996e-05   4.99900019996e-05
0.949860027994  4.99900019996e-05   0.0500399920016 4.99900019996e-05
4.99900019996e-05   4.99900019996e-05   4.99900019996e-05   0.999850029994
4.99900019996e-05   4.99900019996e-05   0.999850029994  4.99900019996e-05
>AXU 2 
0.125020829862  0.333319446759  0.0833611064823 0.458298616897
4.16597233794e-05   4.16597233794e-05   0.95821529745   0.0417013831028
4.16597233794e-05   0.95821529745   4.16597233794e-05   0.0417013831028
票数 2
EN

Stack Overflow用户

发布于 2014-09-09 07:44:29

我觉得这能做你想做的事

代码语言：javascript
复制
BEGIN { FS = "\t" }
NR==FNR { a[$2] = $1; next }
/^>/ { for (i in a) if ($0 ~ i "$") $0 = ">" a[i] }
{ print $0 }

当总记录号等于当前文件的记录号(即我们在第一个文件中)时，构建一个包含替换的数组a。next跳过脚本的其余部分，转到下一行。

对于以">“开头的第二个文件中的行，请遍历a的键，找到匹配的键并对行进行替换。我已经添加了一个锚点$，所以模式必须在行的末尾。{ print $0 }打印整行(这可以缩写为1 )。

测试一下：

代码语言：javascript
复制
$ awk -f swap.awk replace file
>AP-2
5.4052885343e-06    5.4052885343e-06    0.999983784134  5.4052885343e-06
5.4052885343e-06    0.999983784134  5.4052885343e-06    5.4052885343e-06
5.4052885343e-06    0.999983784134  5.4052885343e-06    5.4052885343e-06
0.118921753043  0.383780891224  0.248648677866  0.248648677866
0.10270588744   0.308106851744  0.329728005881  0.259459254935
0.0486530020973 0.421617910964  0.427023199498  0.10270588744
>AXUD class 1
0.200009998 0.799890021996  4.99900019996e-05   4.99900019996e-05
0.949860027994  4.99900019996e-05   0.0500399920016 4.99900019996e-05
4.99900019996e-05   4.99900019996e-05   4.99900019996e-05   0.999850029994
4.99900019996e-05   4.99900019996e-05   0.999850029994  4.99900019996e-05
>AXU 2
0.125020829862  0.333319446759  0.0833611064823 0.458298616897
4.16597233794e-05   4.16597233794e-05   0.95821529745   0.0417013831028
4.16597233794e-05   0.95821529745   4.16597233794e-05   0.0417013831028
票数 2
EN

Stack Overflow用户

发布于 2014-09-09 10:12:26

这里有一个Perl解决方案。它看起来有点神秘，因为它依赖于几个正则表达式。

策略是先处理FileB，然后构建一个在FileA中转换字符串的散列。

所有输出都被发送到STDOUT。

代码语言：javascript
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use strict;
use warnings;
use 5.010;
use autodie;

my %fb = do {
  open my ($fh), '<', 'FileB.txt';
  reverse map / ( \S+ (?: \s+ \S+ )* ) \s+ (\S+) /x, <$fh>;
};

open my ($fh), '<', 'FileA.txt';
while ( <$fh> ) {
   s/^>\K[^_]*_(\S+).*/$fb{$1}/;
   print;
}

输出

代码语言：javascript
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>AP-2
5.4052885343e-06    5.4052885343e-06    0.999983784134  5.4052885343e-06
5.4052885343e-06    0.999983784134  5.4052885343e-06    5.4052885343e-06
5.4052885343e-06    0.999983784134  5.4052885343e-06    5.4052885343e-06
0.118921753043  0.383780891224  0.248648677866  0.248648677866
0.10270588744   0.308106851744  0.329728005881  0.259459254935
0.0486530020973 0.421617910964  0.427023199498  0.10270588744
>AXUD class 1
0.200009998 0.799890021996  4.99900019996e-05   4.99900019996e-05
0.949860027994  4.99900019996e-05   0.0500399920016 4.99900019996e-05
4.99900019996e-05   4.99900019996e-05   4.99900019996e-05   0.999850029994
4.99900019996e-05   4.99900019996e-05   0.999850029994  4.99900019996e-05
>AXU 2
0.125020829862  0.333319446759  0.0833611064823 0.458298616897
4.16597233794e-05   4.16597233794e-05   0.95821529745   0.0417013831028
4.16597233794e-05   0.95821529745   4.16597233794e-05   0.0417013831028
票数 1
EN
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原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/25738841

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