从邻接表生成邻接矩阵

Question

我的友谊数据在一个邻接列表中。样本中的每个人(用id表示)最多可以提名5个朋友(f1-f5)。名为"net_test“的数据框架如下所示：

    id   f1   f2   f3   f4   f5
1  1101 1113 1112   NA   NA   NA
2  1102 1111 1113 1103 1105   NA
3  1103 1105 1110   NA   NA   NA
4  1104 1115 1106 1110 1109 1112
5  1105 1103 1109 1116 1101   NA
6  1106 1121 1103 1113   NA   NA
7  1107 1106 1111   NA   NA   NA
8  1108 1104 1109   NA   NA   NA
9  1109 1114 1103 1113 1108 1120
10 1110 1101 1103 1109 1107   NA

第一行是列号。根据这些数据，我想生成一个邻接矩阵，其中‘d作为行名和列名，如果两个’d具有友好链接，则生成条目1。我尝试先将它保存为一个图，然后在第二步生成邻接矩阵：

require(igraph)
netdat<-graph.adjlist(net_test, mode="out", duplicate=FALSE)
adjmat <- get.adjacency(netdat, type="both")

当我应用graph.adjlist命令时，会发生以下错误：

At structure_generators.c:84 : Invalid (negative) vertex id, Invalid vertex id

会有另一种方法将邻接表转换成邻接矩阵吗？

Answer 1

你误解了命令。命令get.adjlist作为参数，接受一个i图形对象，并返回图形的列表类型对象表示形式。您正在将此应用于数据帧，而该数据帧并不是被胁迫到igraph对象的。

下面是使用数据框架构造i图形对象的正确方法，以及如何获得该对象的各种图形表示形式。

require(reshape2)
net_list <- melt( net_test, id.vars = "id")
net_list <- net_list[ !is.na(net_list$value), c("id", "value") ]
graph_o <- graph.data.frame(net_list) #This is a proper igraph graph object
#got from a data frame directly

list_rep <- get.adjlist(graph_o) #this now returns an adjacency list 
#representation of your graph
matrix_rep <- get.adjacency(graph_o) #this gives you the adjacency
#matrix as a (sparse) matrix with the row and column names as you want.

Answer 2

我想问题是，net_test不是适当的邻接列表，因为它包含的不仅仅是两个列。所以我要做的第一件事就是把它融化成这种形式：

require(reshape2)
net_list <- melt( net_test, id.vars = "id")
net_list <- net_list[ !is.na(net_list$value), c("id", "value") ]
colnames(net_list) <- c("from", "to")
graph.adjlist(net_list, mode="out", duplicate=FALSE)

# IGRAPH D--- 1121 66 --

如果你只需要邻接矩阵，而不需要进一步的图像，你可以直接cast熔融net_list。

acast(net_list, from ~ to, fun.aggregate = length )