升级到R3.1.1后运行lmer时出现的问题

Question

我正在运行Windows，我最近升级到R3.1.1并更新了所有软件包。奇怪的是，我再也不能用我自己的数据来计算了。当我使用R2.15时，我的代码起作用了。我还尝试在lme4包中使用睡眠研究数据集，一切都很顺利。

我正在观察16个小区(8个在高多样性处理，8个在低多样性处理)在6个日期的苗木数量变化。以下是数据框架的结构：

>str (Dataset)
'data.frame':   96 obs. of  5 variables:
   Plot   : Factor w/ 16 levels "10B","12A","13B",..: 12 13 14 15 16 1 2 3 4 5 ...
   Trt    : Factor w/ 2 levels "high","low": 2 1 1 2 1 2 1 2 2 1 ...
   Date   : Factor w/ 6 levels "Apr-12","Apr-13",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
   Seed   : int  0 0 2 7 1 0 8 0 2 5 ...

我试着用日期和处理作为固定因素，把图作为随机因素来运行整个模型：

> seeds <- lmer(Seed~Trt*Date+(1|Plot), Dataset)

但我一直在犯这样的错误：

Error in get(ctr, mode = "function", envir = parent.frame()) : 
object 'contr.Treatment' of mode 'function' was not found

我试着运行一个简化的模型，只要处理和绘图，或者只是日期和图表，我仍然得到同样的错误。我把数据导入R时做了些奇怪的事吗？知道我做错什么了吗？

-2014年9月29日更新--

所以我试着在一些假数据上运行aov，即使这样也不起作用。这是我的密码：

> thing = c(4, 5, 4, 3, 2, 4, 3, 4, 4, 6, 8, 4, 5, 4, 6, 5, 8, 6, 6, 7, 6, 6, 7, 5, 6, 5, 5)
> treatment = c(rep("A",9), rep("B",9), rep("C",9))
> Dataset = data.frame(thing,treatment)
> results = aov(thing ~ treatment, data=Dataset)  

我也犯了同样的错误：

Error in get(ctr, mode = "function", envir = parent.frame()) : 
object 'contr.Treatment' of mode 'function' was not found

Answer 1

当我试图在lmer对象上运行疏浚函数(从"MuMin")时，我收到了同样的错误消息，并且一直在寻找有类似问题的人。

我没有在网上找到这个问题的解决方案，但是在阅读了这个问题之后，我寻找了contr.Treatment，并在“汽车”包中找到了它。

“车”被关掉了，打开它帮我消除了错误。看起来“汽车”应该作为一种依赖来加载，但是它没有因为任何原因而加载。