用R从化学蜘蛛中检索化学同义词

Question

我当前的R脚本基于给定的化学蜘蛛id解析来自http://www.chemspider.com的化学同义词名称，在本例中是"Irganox 1076“(代码取自Scraping experimentally measured physicochemical properties and synonyms from Chemspider in R)：

library(XML)
csid     <- "15539" 
url      <- paste0("http://www.chemspider.com/Chemical-Structure.",csid,".html")
doc      <- htmlTreeParse(url,useInternal=T)
synNodes <- getNodeSet(doc,'//div[@id="synonymsTab"]/div/div/div/p[@class="syn"]')
synonyms <- sapply(synNodes,function(x)xmlValue(getNodeSet(x,"./strong")[[1]]))
synonyms

结果：

[1] "3-[4-Hydroxy-3,5-bis(2-méthyl-2-propanyl)phényl]propanoate d'octadécyle"    "benzenepropanoic acid, 3,5-bis(1,1-dimethylethyl)-4-hydroxy-, octadecyl ester"
 [3] "Octadecyl 3-(3,5-di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)propanoate"                     "Octadecyl 3-(3,5-di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)propionate"                    
 [5] "Octadecyl 3,5-di-t-butyl-4-hydroxyhydrocinnamate"                              "Octadecyl 3,5-di-tert-butyl-4-hydroxyhydrocinnamate"                          
 [7] "octadecyl 3-[3,5-bis(tert-butyl)-4-hydroxyphenyl]propanoate"                   "Octadecyl 3-[4-hydroxy-3,5-bis(2-methyl-2-propanyl)phenyl]propanoate"         
 [9] "Octadecyl-3-(3,5-di-tert.butyl-4-hydroxyphenyl)-propionate"                    "Octadecyl-3-[4-hydroxy-3,5-bis(2-methyl-2-propanyl)phenyl]propanoat"

问题：，不幸的是，脚本只显示了Chemspider的初始结果。当您手动单击“more .”时，http://www.chemspider.com站点显示了一个具有更多同义词的扩展列表。按钮。

问题：，如何修改脚本，以便脚本的结果包括扩展的同义词列表。

Answer 1

这似乎相当有效。

library(XML)
csid     <- "15539" 
url      <- paste0("http://www.chemspider.com/Chemical-Structure.",csid,".html")
doc      <- htmlTreeParse(url,useInternal=T)
synNodes <- getNodeSet(doc,'//div[@id="synonymsTab"]//p[@class="syn"]')
synonyms <- sapply(synNodes,function(x)xmlValue(getNodeSet(x,"./*[1]")[[1]]))

Answer 2

对不起，不太熟悉R，但是为了从ChemSpider中提取任何信息，最好使用REST然后解析网页：http://parts.chemspider.com/json.ashx

例如，为了获得与阿司匹林相关的所有同义词，您可以这样做：http://parts.chemspider.com/JSON.ashx?op=GetRecordsAsCompounds&csids[0]=2157&serfilter=Compound[Synonyms]或this http://parts.chemspider.com/JSON.ashx?op=GetRecordsAsCompounds&csids[0]=2157，以便获得有关指定化合物的所有信息。