R与鱼类丰度的相关矩阵

Question

我有一个由每周取样的鱼类数量组成的数据集。我想要创建一个矩阵，它显示了在特定时期，1种物种的丰度与另一种物种的丰度之间的相关性。做这件事最好的方法是什么？对于这种性质的数据，我可以使用pearson相关吗？

我的数据包括12种和20周。每周都有记录在案的丰富。

例如：

Week     species 1      species 2     species 3
1              150          1000            0
2              250          1500            0
3              700          1400            0
4              80           2000         1800
5              0            500         600

寻找发生或丰富度或一个物种与另一个物种之间的相关性。

Answer 1

以下基本分析可能有帮助：

ddf = structure(list(Week = 1:5, species1 = c(150L, 250L, 700L, 80L, 
0L), species2 = c(1000L, 1500L, 1400L, 2000L, 500L), species3 = c(0L, 
0L, 0L, 1800L, 600L)), .Names = c("Week", "species1", "species2", 
"species3"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -5L))

> ddf
  Week species1 species2 species3
1    1      150     1000        0
2    2      250     1500        0
3    3      700     1400        0
4    4       80     2000     1800
5    5        0      500      600

随时间排列的不同物种间的相关矩阵( species2与3呈一定的正相关，species1与3呈负相关)：

cor(ddf[,2:4])
           species1  species2   species3
species1  1.0000000 0.2494514 -0.4905172
species2  0.2494514 1.0000000  0.4699644
species3 -0.4905172 0.4699644  1.0000000

图形表示：

ddfm = melt(ddf, id="Week")
ddfm
   Week variable value
1     1 species1   150
2     2 species1   250
3     3 species1   700
4     4 species1    80
5     5 species1     0
6     1 species2  1000
7     2 species2  1500
8     3 species2  1400
9     4 species2  2000
10    5 species2   500
11    1 species3     0
12    2 species3     0
13    3 species3     0
14    4 species3  1800
15    5 species3   600

library(ggplot2)
ggplot(ddfm, aes(x=Week, y=value, group=variable, color=variable)) + geom_line()

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