哪里定义分布函数用于适配(适配)或适配(质量)？

Question

我想定义我自己的分布函数，以便在R中使用fitdist或fitdistr函数，例如在fitdistrplus包中使用fitdist。我定义了一个名为sgamma的定制发行版，如下所示：

dsgamma<-function(x,shape){return(dgamma(x,shape,scale=1));}
qsgamma<-function(p,shape){return(qgamma(p,shape,scale=1));}
psgamma<-function(q,shape){return(pgamma(q,shape,scale=1));}
rsgamma<-function(n,shape){return(rgamma(n,shape,scale=1));}

我的问题是，我应该在哪里定义这些功能。

如果上面的定义和声明是在顶层环境中进行的，那么我可以使用这个分布函数调用fitdist。换句话说，具有以下内容的脚本test1.R将运行良好：

rm(list=ls())
require(fitdistrplus);
dsgamma<-function(x,shape){return(dgamma(x,shape,scale=1));}
qsgamma<-function(p,shape){return(qgamma(p,shape,scale=1));}
psgamma<-function(q,shape){return(pgamma(q,shape,scale=1));}
rsgamma<-function(n,shape){return(rgamma(n,shape,scale=1));}
x<-rgamma(100, shape=0.4, scale=1);
zfit<-fitdist(x, distr=dsgamma, start=list(shape=0.3));

现在，如果我将上面的代码包装在一个函数中，它就不能工作了。见下文test2.R：

rm(list=ls())
testfit<-function(x)
{
    require(fitdistrplus);
    dsgamma<-function(x,shape){return(dgamma(x,shape,scale=1));}
    qsgamma<-function(p,shape){return(qgamma(p,shape,scale=1));}
    psgamma<-function(q,shape){return(pgamma(q,shape,scale=1));}
    rsgamma<-function(n,shape){return(rgamma(n,shape,scale=1));}
    zfit<-fitdist(x, distr=dsgamma, start=list(shape=0.3));
    return(zfit);
}

x<-rgamma(100, shape=0.4, scale=1);
zfit<-testfit(x);

我得到了以下错误：

Error in fitdist(x, distr = dsgamma, start = list(shape = 0.3)) : 
  The  dsgamma  function must be defined

注意，如果我替换

zfit<-fitdist(x, distr=dsgamma, start=list(shape=0.3));

使用

zfit<-fitdist(x, distr="sgamma", start=list(shape=0.3));

我猜关键的问题是，fitdist在哪里查找由参数distr指定的函数。我非常感谢你的帮助。

Answer 1

问得好。造成此错误的原因是，fitdistrplus包的作者使用exists()检查函数所需参数的变化。

以下是fitdist和mledist函数代码的摘录。其中作者取给出的distr值，在定义了fitdist和mledist的全局环境和环境中寻找合适的密度和概率函数。

if (!exists(ddistname,mode="function"))
    stop(paste("The ", ddistname, " function must be defined"))
pdistname <- paste("p", distname, sep = "")
if (!exists(pdistname,mode="function"))
    stop(paste("The ", pdistname, " function must be defined"))

这是“存在”工作原理的摘录：

此函数用于查看名称‘x’是否在指定的环境中绑定到它的值。如果“”为“TRUE”，并且在指定的环境中找不到“x”的值，则搜索环境的包围帧，直到遇到名称“x”为止。有关环境结构及其附件的详细信息，请参见“环境”和“R语言定义”手册。

要了解更多关于为什么存在的信息，请检查本文：http://adv-r.had.co.nz/Environments.html

从本质上说，fitdist和mledist没有在您创建的函数的环境中进行搜索，从而给出了dsgamma (以及您定义的其他函数)不存在的错误。

通过使用<<-而不是<-来定义testfit()中的函数，可以很容易地绕过这一点。这将在全局上定义您的子函数。

 > testfit<-function(x)
 +     {
 +             require(fitdistrplus);
 +                 dsgamma<<-function(x,shape){return(dgamma(x,shape,scale=1))}
 +                 qsgamma<<-function(p,shape){return(qgamma(p,shape,scale=1))}
 +                 psgamma<<-function(q,shape){return(pgamma(q,shape,scale=1))}
 +                 rsgamma<<-function(n,shape){return(rgamma(n,shape,scale=1))}
 +                 zfit<-function(x){return(fitdist(x,distr="sgamma" , start=list(shape=0.3)))};
 +                 return(zfit(x))
 +         }
!> testfit(x)
 Fitting of the distribution ' sgamma ' by maximum likelihood
 Parameters:
       estimate Std. Error
 shape 0.408349 0.03775797

通过将envir=parent.frame()添加到下面的存在检查中，您可以修改fitdist代码，以便在函数的环境中进行搜索，但我不建议这样做。

if (!exists(ddistname,mode="function",envir=parent.frame()))

但是，这仍然不能解决您的问题，因为fitdist调用了mledist，mledist也有相同的问题。

 Error in mledist(data, distname, start, fix.arg, ...) (from #43) :
   The  dsgamma  function must be defined

要采用这种方法，您还必须修改mledist并告诉它在parent.frame of fitdistr中搜索。每次加载库时，都必须进行这些更改。