未解析的外部符号在共享C库上构建带有swig的python C扩展

Question

我正在尝试用SWIG包装用于python的C库。我在使用标准系统工具链的linux 64位系统(Gentoo)上。这个库(太阳刻度盘)安装在我的系统上，在/usr/local/lib中使用共享库

我的接口文件很简单(首先)

%module nvecserial

%{
#include "sundials/sundials_config.h"
#include "sundials/sundials_types.h"
#include "sundials/sundials_nvector.h"
#include "nvector/nvector_serial.h"
%}

%include "sundials/sundials_config.h"
%include "sundials/sundials_types.h"
%include "sundials/sundials_nvector.h"
%include "nvector/nvector_serial.h"

考虑到上面的接口文件，我运行

$ swig -python -I/usr/local/include nvecserial.i 
$ gcc -O2 -fPIC -I/usr/include/python2.7 -c nvecserial_wrap.c
$ gcc -shared /usr/local/lib/libsundials_nvecserial.so nvecserial_wrap.o -o _nvecserial.so
$ python -c "import nvecserial"
Traceback (most recent call last):
  File "<string>", line 1, in <module>
  File "nvecserial.py", line 28, in <module>
    _nvecserial = swig_import_helper()
  File "nvecserial.py", line 24, in swig_import_helper
    _mod = imp.load_module('_nvecserial', fp, pathname, description)
ImportError: ./_nvecserial.so: undefined symbol: N_VLinearSum

再仔细查一遍

$ objdump -t /usr/local/lib/libsundials_nvecserial.so |grep Linear
0000000000001cf0 g     F .text  00000000000002e4              N_VLinearSum_Serial
$ objdump -t _nvecserial.so |grep Linear
00000000000097e0 l     F .text  0000000000000234              _wrap_N_VLinearSum
000000000000cd10 l     F .text  0000000000000234              _wrap_N_VLinearSum_Serial
0000000000000000         *UND*  0000000000000000              N_VLinearSum
0000000000000000       F *UND*  0000000000000000              N_VLinearSum_Serial

据我所知，N_VLinearSum是一个围绕N_VLinearSum_Serial的包装器(也有一个并行实现，因此想必，nvecparallel中的N_VLinearSum会包装N_VLinearSum_Parallel)。但我迷失的地方是下一步该做什么。这是我的接口定义中的问题，还是我的编译方面的问题？

Answer 1

我们会把它连接到一个额外的库里。libsundials_nvecserial.so和兄弟们似乎不包含符号N_VLinearSum。日晷将sundials_nvector.h中的处理函数和符号放入不同的.so文件中，这与直觉有些相反。

就目前而言，我的工作是

$ gcc -shared -L/usr/local/lib nvecserial_wrap.o -o _nvecserial.so\
-lsundials_nvecserial -lsundials_cvode
$ python -c "import nvecserial"
$

我将继续处理源发行版中的实际.o文件，但考虑到最终使用distutils分发包装模块的意图，并且不是每个人都可以访问系统上的太阳刻度盘源代码，我可能会坚持在额外的共享库中进行链接。

Answer 2

而不是

gcc -shared /usr/local/lib/libsundials_nvecserial.so nvecserial_wrap.o -o _nvecserial.so

试一试

gcc -shared -L/usr/local/lib nvecserial_wrap.o -o _nvecserial.so -lsundials_nvecserial

-l应该结束，否则库可能不会被搜索到符号。在ld手册页中对此进行了解释。