如何创建一个图表来显示特定离子的时间范围或确切时间？

Question

我试图通过展示特定的化合物及其保留时间来可视化我的初步数据。我想要的是一个图表，能够显示x轴上的保留时间和y轴上的离子质量。有些离子要么有确切的保留时间，要么有它在分析仪器中洗脱的时间框架。

在下面的示例数据帧中，QIon是离子质量，RT是时间范围(如果有的话)，RT_Center是确切的保留时间。一些化合物由于具有相同的质量但保留时间不同而重叠，因此在图中，时间范围可能在相同的y轴上，但在x轴上不同。如果您需要任何其他信息，请告诉我。

Compound       QIon   RT      RT_Center

Biphenyl       154    30-32
Fluorene       166            37.1
Dibenzofuran   168    31-34
Acenaphthene   154            34.14

Answer 1

我以我更习惯的方式编写了这段代码，但我可能也会在这里添加一些其他方式。

我加载了整个库tidyverse，但我使用的是ggplot2和tidyr。

library(tidyverse) # Or ggplot2 and tidyr

chem %>%
  separate(col = RT, sep = "-", into = c("Beginning", "End"), convert = TRUE) %>%
  ggplot(aes(y = QIon))+
  geom_point(aes(x = RT_Center))+
  geom_errorbar(aes(xmin = Beginning, xmax = End))+
  theme_minimal()

更多的定制由你决定。

它的含义如下:首先，我将列RT分为开始和结束两部分。这样，我就可以使用这些列来创建范围和点(检查?geom_errorbar以查看其他geom)。

我相信这就是你的意思。由于既有范围也有单点，我认为两者都使用是最合适的。如果这不是你想要的，尽管说。

这里有一种不使用管道的方法，如果它让你更舒服的话：

library(ggplot2)

chem2 <- tidyr::separate(chem, col = RT, sep = "-", into = c("Beginning", "End"), convert = TRUE)
ggplot(chem2, aes(y = QIon))+
  geom_point(aes(x = RT_Center))+
  geom_errorbar(aes(xmin = Beginning, xmax = End))+
  theme_minimal()