R中的coefplot2( )问题

Question

我在R中运行了几个MCMCglmm模型，并希望绘制回归估计值以及置信区间。我只对绘制固定效果感兴趣，因为我的随机效应是单个演员，个人接受者和团队--所有这些在统计上都不重要。

基于哈德菲尔德的教程和小片段，以及博尔克等人2012年的论文(猫头鹰的例子)，我决定使用coefplot2()，尽管dotchart()似乎也是一种选择。我将与coeftab()一起使用它，如下代码示例所示。我的问题是，我应该能够跳过一些代码，通过使用var.idx来指定我只想要绘制某些效果；但这是抛出错误"var.idx: is not a graphical parameter。我想知道这是关于我的代码，还是关于我正在使用的包。

我的MCMCglmm模型叫做m1.teaching。这是对我有用的代码。我首先将回归估计/系数列表为一个新的对象：

 m1.coefs <- coeftab(m1.teaching)

然后，我创建了另一个新对象，只包含混合效应(当前和r)估计值和置信区间：

 m1.coefs.present.r <- c(m1.coefs[3:4,])

最后，我绘制了估计值和置信区间：

 coefplot2(m1.coefs.present.r$Estimate, sds=m1.coefs.present.r$'2.5%', varnames=c('present','r'), CI=1)

根据上面的参考资料和文档，我应该能够做到这一点，而不需要创建一个具有固定效果的新对象这一中间步骤。我之所以想这样做，是因为最终我将展示几个模型对一个场景的影响，而冗长而混乱的代码可能会导致错误。

我认为应该有效的代码，但没有：

 coefplot2(m1.coefs$Estimate, sds=m1.coefs$'2.5%', var.idx = m1.coefs[3:4,], varnames=c('present','r'), CI=1)

此代码引发错误：

 Warning messages:
 1: "var.idx" is not a graphical parameter 
 2: "var.idx" is not a graphical parameter 
 3: "var.idx" is not a graphical parameter 
 4: "var.idx" is not a graphical parameter 
 5: "var.idx" is not a graphical parameter 
 6: "var.idx" is not a graphical parameter 
 7: In plot.window(...) : "var.idx" is not a graphical parameter
 8: In plot.xy(xy, type, ...) : "var.idx" is not a graphical parameter
 9: In title(...) : "var.idx" is not a graphical parameter

我没有所有的想法和资源来理解这一点，你的帮助是非常感谢的！

Answer 1

MCMCglmm模型的固定效应由$Sol访问。使用[,]，您可以指定所需的固定效果，逗号指定所有行，这是所有的迭代。

coefplot2(m1$Sol[,1:5])

将绘制MCMCglmm模型m1的前5种固定效果。请注意，您也可以从$Sol中访问特定于级别的随机效果。

随机效应由$VCV访问。

coefplot2(m1$VCV[,c(1,3)]

将绘制MCMCglmm模型m1的第1和第3随机效应。