PyMC MCMC分析- .summary()“

Question

我是PyMC新手，在获取与我之前的数据相关的参数时遇到了一些困难，例如，均值和标准差。

我在一个名为“model.py”的文件中描述我的模型，如下所示：

    import pymc
    import numpy

    #constants
    r_div=numpy.loadtxt("r_div", comments="#", unpack=False)
    map=numpy.loadtxt("map", comments="#", delimiter=",", unpack=False)
    M_star=3*10^6;

    #data
    n=numpy.loadtxt("n")

    #priors
    alpha_0=pymc.Uniform('alpha_0end',-10,10, value=0)
    logA_0=pymc.Uniform('logA_0end',-10,10,value=-6.1246)

    #model

    @pymc.deterministic(plot=False)

    def r(logA_0=logA_0,alpha_0=alpha_0,M_star=M_star,r_div=r_div):

        r=r_div*numpy.exp(logA_0)*((numpy.exp(map[:,1])/M_star)**(alpha_0))

        return r

            #likelihood
            Distribution=pymc.Poisson('Distribution',mu=r,value=n,observed=True)

然后在ipython中使用以下脚本运行MCMC链：

            import pymc
            import model
            M=pymc.MCMC(model)
            M.sample(100000, burn=10000)
            M.summary()

在得到错误的最后命令M.summary()之前，一切似乎都正常：

AttributeError跟踪(最近一次调用)在() ->1 M.summary()

AttributeError：'MCMC‘对象没有属性’汇总‘

我确信这个链已经成功运行了，因为命令M.trace('alpha_0end')显示了那里有链元素，但是我无法得到任何关于先前的信息，比如平均值或标准差。我尝试过汇总命令的不同排列。例如: M.alpha_0end.summary()

这将有助于了解是否有一个简单的方法，以获得标准偏差和前项的均值。

Answer 1

我无法运行您的代码，但在这个最小的示例中，M.summary()为我工作：

In [1]: import pymc as pm

In [2]: pm.__version__
Out[2]: '2.3.2'

In [3]: X = pm.Normal('X', 0, 1)

In [4]: M = pm.MCMC(dict(X=X))

In [5]: M.sample(100000, burn=10000)
 [-----------------100%-----------------] 100000 of 100000 complete in 5.0 sec
In [6]: M.summary()

    X:

        Mean             SD               MC Error        95% HPD interval
        ------------------------------------------------------------------
        -0.0             1.003            0.003            [-1.897  2.026]


        Posterior quantiles:

        2.5             25              50              75             97.5
         |---------------|===============|===============|---------------|
        -1.961           -0.673          0.0            0.675         1.964

Answer 2

摘要子例程于2012年2月添加(a04551094a70451a4afee4e11be8b6872e74fe46)。当时的版本号是2.2级.

如果你的pm.__version__是2.2分或更低，你有一个版本的pymc太老了，不能使用这个函数。版本2.2-测试版或更高版本应该可以工作。