如何在R中安装主题模型包？

Question

我正试图在R中安装名为拓扑模型的软件包，但我没有成功。这是我尝试过的..。

操作:使用install.packages("topicmodels")安装包

结果：

package ‘topicmodels’ is available as a source package but not as a binary

Warning in install.packages :
  package ‘topicmodels’ is not available (for R version 3.1.0)

所以我说好的，让我们从源头安装

行动：install.packages("/Users/my_name/Downloads/topicmodels_0.2-1.tar.gz",repos=NULL,type="source")

结果：

* installing *source* package ‘topicmodels’ ...
** package ‘topicmodels’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include    -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c cokus.c -o cokus.o
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include    -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c common.c -o common.o
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include    -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c ctm.c -o ctm.o
ctm.c:29:10: fatal error: 'gsl/gsl_rng.h' file not found

include gsl/gsl_rng.h

1 error generated.
make: *** [ctm.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘topicmodels’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/topicmodels’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘/Users/me/Downloads/topicmodels_0.2-1.tar.gz’ had non-zero exit status

于是我研究了gsl这件事，发现了此链接。现在，我认为我所有的问题都解决了，当我最终遵循这些指示的时候。我得到以下错误(在终端).

Warning in untar2(tarfile, files, list, exdir, restore_times) :
  using pax extended headers
ERROR: cannot extract package from ‘topicmodels.tar.gz’

Answer 1

首先，您必须安装gsl。一旦您安装了，您可以尝试安装R包。您可以从这里下载gsl (在那里您可以选择最新版本的gsl-latest.tar.gz)。下载之后，执行以下操作来安装它：

1. 解压缩下载的文件(在我的例子中，“最新”文件包含以下版本：gsl-1.16)
2. 打开“航站楼”
3. 然后(使用终端)，移动到您在步骤1中创建的文件夹中。
4. 一旦您在该文件夹中，运行以下命令(按顺序排列)： ./配置
5. 这样做之后，您将不会得到前面提到的fatal error: 'gsl/gsl_rng.h' file not found错误，所以您可以重试安装。
6. 现在回到您的R环境(例如，RStudio)，再次尝试通过以下步骤安装该软件包： install.packages("PATH_TO_TOPIC_MODELS.tar.gz"，repos=NULL，type="source")。

我也有同样的问题，在这样做后，我得到了正确的R包安装，我希望它也能在你的情况下工作。

Answer 2

如果你已经用了自制的。与从源手动安装gsl相比，使用变量修复更好、更快。

1. 用自制brew install gsl安装gsl
2. 编辑~/.R/Makevars并添加。 PKG_LIBS=-L/usr/local/opt/gettext/lib CFLAGS=-I/usr/local/opt/gsl/include LDFLAGS=-L/usr/local/opt/gsl/lib -lgsl -lgslcblas