使用roxygen2生成R包时出错

Question

我有两个文件，Rfile.R和Cppfile.cpp。

Cppfile.cpp中的内容：

#include <Rcpp.h>
using namespace Rcpp;
// [[Rcpp::export]]
int CPPF(int k){return ++k;}

R文件中的内容：

RF<-function(k){return(CPPF(k))}

我想要建立一个基于这两个文件的R包。我使用了Rstudio和Roxygen2的最新版本。

我尝试了3种使用或不使用Roxygen2构建包的方法，并得到了不同的结果：

1. New >New>Rcpp>Type:Package w/Rcpp，添加Rfile.R和Cppfile.cpp作为源文件。构建并重新装载，一切都很好。这些函数的工作原理是一样的。
2. New >New>Rcpp>Type:Package w/Rcpp，添加Rfile.R和Cppfile.cpp作为源文件。选择“用RO2生成文档”，检查其所有选项。Build & Reload，功能不起作用。输入" RF“表示RF的内容，输入"CPPF”pops“未找到的对象”。
3. New >New>Rcpp>Type:Package w/Rcpp，只添加Cppfile.cpp作为源文件。选择“用RO2生成文档”，检查其所有选项。Build & Reload，这个功能可以工作。然后将Rfile.R直接复制到项目文件夹->R文件夹。构建和重新开发，一切都很好，功能运行良好。

我是用错了活性氧还是RO2有虫子？我要把它记录下来。我可以坚持第三种方式，这花费了我很大的精力去寻找，但连线。

谢谢!

解决这个问题的一种方法是:当选择“用RO2生成文档”时，不要选中“命名空间文件”选项。

Answer 1

您混淆了两件事情(不幸的是，这很容易混淆)：

首先，// [[Rcpp::export]]属性用于在两个文件( RcppExports.cpp和RcppExports.R )中自动生成包装器函数.包装器R函数CPPF将由Rcpp::compileAttributes()在这里自动生成，并放入R/RcppExports.R中.

其次，可以使用roxygen注释来管理NAMESPACE，例如使用@export标记。请注意，这与// [[Rcpp::export]]不同！

自动生成的函数不会自动导出.Rcpp.package.skeleton()将生成一个NAMESPACE文件，该文件将自动导出给定名称的所有函数；即exportPattern("^[[:alpha:]]+")条目。对于小型包来说，这已经足够了；但是随着包变得更加复杂，您将需要对您的命名空间进行更细粒度的控制。或者，您可以采用一种约定，在这种约定中，所有内部的、非导出的函数都以.开头。无论哪种方式，这种机制都允许将自动生成的函数导出到包命名空间中。

如果要使用roxygen管理NAMESPACE，则需要将roxygen注释添加到C++函数中，如果希望将它们导出到命名空间中。因此，您可以按以下方式修改您的函数：

#include <Rcpp.h>
using namespace Rcpp;

//' @export
// [[Rcpp::export]]
int CPPF(int k){return ++k;}

请注意，您可能必须运行roxygen2::upgradeRoxygen()，以确保roxygen2接管了新版本的roxygen2的NAMESPACE。

Answer 2

因此，如果2不工作，将其作为(可重复的)错误报告提交给roxygen2团队。

我没有看到Rcpp问题；导入:/命名空间声明可能出了问题。我在这里没有看到Rcpp问题(因为1很好)。

FWIW我还在一些包上使用roxygen2，我也不时用RStudio构建它们。