流式细胞术中的叠加直方图

Question

我正在尝试使用ggplot或base来生成类似于以下内容：

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我知道如何使用ggplot2进行直方图处理，并且可以使用facet_grid或facet_wrap轻松地将它们分开。但我想“交错”他们垂直，使他们有一些重叠，如下所示。对不起，我不允许张贴自己的照片，很难找到一个简单的图片，我想要什么。如果可以的话，我只会张贴左上角面板。

我知道这不是一种显示数据的特别好的方式--但这个决定并不取决于我。

样本数据集如下：

my.data <- as.data.frame(rbind( cbind( rnorm(1e3), 1) , cbind( rnorm(1e3)+2, 2), cbind( rnorm(1e3)+3, 3), cbind( rnorm(1e3)+4, 4)))

我可以用geom_histogram绘制如下图：

ggplot(my.data) + geom_histogram(aes(x=V1,fill=as.factor(V2))) + facet_grid( V2~.)

但我想要y轴重叠。

Answer 1

require(ggplot2)
require(plyr)

my.data <- as.data.frame(rbind( cbind( rnorm(1e3), 1) , cbind(     rnorm(1e3)+2, 2), cbind( rnorm(1e3)+3, 3), cbind( rnorm(1e3)+4, 4)))
my.data$V2=as.factor(my.data$V2)

基于V2的密度计算

res <- dlply(my.data, .(V2), function(x) density(x$V1))
dd <- ldply(res, function(z){
  data.frame(Values = z[["x"]], 
             V1_density = z[["y"]],
             V1_count = z[["y"]]*z[["n"]])
})

根据V2添加偏移量

dd$offest=-as.numeric(dd$V2)*0.2 # adapt the 0.2 value as you need
dd$V1_density_offest=dd$V1_density+dd$offest

和情节

ggplot(dd, aes(Values, V1_density_offest, color=V2)) + 
  geom_line()+
  geom_ribbon(aes(Values, ymin=offest,ymax=V1_density_offest,     fill=V2),alpha=0.3)+
  scale_y_continuous(breaks=NULL)

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Answer 2

densityplot()来自生物导体flowViz封装是一种可选择的堆叠密度。

出发地：http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/manuals/flowViz/man/flowViz.pdf：

对于flowSets，其思想是将flowSet中所有帧的密度估计图水平堆叠成一个或几个flow参数。在后一种情况下，每个参数将被绘制在一个单独的面板中，即我们对参数的隐含条件。

您可以在这里看到示例可视化：http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/flowViz/inst/doc/filters.html

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("flowViz")

Answer 3

使用ggridges包：

ggplot(my.data, aes(x = V1, y = factor(V2), fill = factor(V2), color = factor(V2))) +
  geom_density_ridges(alpha = 0.5)

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