Ubuntu12.04上的lme4软件包安装失败

Question

编辑:

感谢user20650，他的回答解决了这个问题。但是，如果有人知道为什么 .Rprofile文件会影响Ubuntu12.04上的lme4安装，请告诉我，因为我真的很想知道。

原始帖子:

我正在尝试安装doBy包，并遇到了一些问题。它依赖于lme4，由于某种原因，它没有从我迄今尝试过的任何源编译。我已经访问过几个链接，包括这一个，但没有取得任何成功。

以下是我在安装过程中遇到的错误片段。我尝试了三种不同的方法，如下所述。如果lme4出了什么事，任何人都知道

尝试1:

> install.packages('doBy')
# ...
# ERROR: compilation failed for package ‘lme4’
# * removing ‘/home/richard/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/lme4’
# Warning in install.packages :
#   installation of package ‘lme4’ had non-zero exit status
# 
# Successfully loaded .Rprofile at Wed May 21 13:33:34 2014 
# ERROR: dependency ‘lme4’ is not available for package ‘doBy’
# * removing ‘/home/richard/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/doBy’
# Warning in install.packages :
#   installation of package ‘doBy’ had non-zero exit status

尝试2:

> install.packages("lme4",repos = "http://r-forge.r-project.org")
# Installing package into ‘/home/richard/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1’
# (as ‘lib’ is unspecified)
# Warning in install.packages :
#   package ‘lme4’ is not available (for R version 3.1.0)

尝试3:

> install_github(repo = 'lme4/lme4', username = 'stevencarlislewalker')

​

​

运行Ubuntu 12.04 LTS

> version
# _                           
# platform       x86_64-pc-linux-gnu         
# arch           x86_64                      
# os             linux-gnu                   
# system         x86_64, linux-gnu           
# status                                     
# major          3                           
# minor          1.0                         
# year           2014                        
# month          04                          
# day            10                          
# svn rev        65387                       
# language       R                           
# version.string R version 3.1.0 (2014-04-10)
# nickname       Spring Dance     

Answer 1

这(可能)可能不是理查德的问题的答案，但确实复制了我在ubuntu 12,04上Rv3.1上安装了一个问题。如果别人能复制这个，那就太好了。

因此，接下来我的评论-注意到理查德有一个.Rprofile，定义了.First和.Last在我的.Rprofile导致软件包没有安装。

Exmaple

首先卸载lme4

remove.packages("lme4")

定义.Rprofile文件

## .First() run at the start of every R session.
.First <- function() {
cat("\nSuccessfully loaded your .Rprofile at", date(), "\n")
}

## .Last() run at the end of the session
.Last <- function() {
cat("\nGoodbye at ", date(), "\n")
}

开放R

尝试安装lme4 -没有成功&类似于理查德上面的错误

install.packages("lme4")

...
* removing ‘/home/admin1/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.1/lme4’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘lme4’ had non-zero exit status

因此，在终端中重命名(或删除) .Rprofile文件

mv .Rprofile temp.Rprofile

再次打开R并尝试安装lme4

install.packages("lme4")

...
* installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
* DONE (lme4)

 library(lme4)
# Loading required package: Matrix
# Loading required package: Rcpp

Answer 2

这是一个bug，应该由此承诺在开发版本中修复(在Github上)，以及在1.1-7版本中(很快？)

Answer 3

根据你的意见和扩大的问题：

• 通过在Ubuntu12.04上安装R3.1.0，你正在射击自己的脚。
• 您现在运行一个与发行版中的包(如r-cran-lme4 )不同步的R。
• 好消息是，您可以询问发行版有关所谓的构建-取决于它知道的信息，并在R3.1.0下重新构建lme4。
• 也可以从Michael在launchpad上的其他工作中获益，并使用他的另一个repo，这就是r-travis代码所做的：sudo add-apt-repository -y "ppa:marutter/rrutter"和sudo add-apt-repository -y "ppa:marutter/c2d4u"。

最后一步将为您提供大量预先构建的包。从长远来看，你最好能自己从源头上构建软件包.