RNA SEQ数据热图

Question

这是我第一次使用RNA SEQ数据，我在热图上遇到了一些问题。

我的数据如下所示：数据

我想要创建一个显示组织特定表达的热图，并尝试了以下方法

 rownames(data)<-data$IDS
 data<-data[,-1]
 hmcol = colorRampPalette(brewer.pal(9, "GnBu"))(100)
 heatmap.2(as.matrix(data), col = hmcol, trace="none")

数据中的值与heatmap.Could中的颜色键不匹配，请纠正哪里错了？

Answer 1

似乎你只是有很多小的价值，很少有非常大的价值。因此，颜色键是正确的(见颜色键中的直方图)，但低(灰色)值只是控制图片。您可以尝试用对数标度来绘制这些值。

也许可以尝试这样的方法：

heatmap.2(log2(as.matrix(data) + 1), col = hmcol, trace="none")

Answer 2

你分析过你的DE了吗？过滤和归一化步骤，最后DE再次尝试在您表达的基因(也是为PCA)。