通过lmeresampler引导"lme()"，nlme

Question

有人知道如何引导由lme函数(nlme包)构建的线性混合效应模型吗？

半年前，我可以通过"lmeresampler“包中的"bootstrap”函数做到这一点，但目前它不能使用相同的数据和代码运行。这些包是怎么回事？

mod<-lme(PC1~SA+Y+CMIave+MATave,
        random=~1|PLOT_ID,data)

mixed.bootmod<-lmeresampler::bootstrap(mod,function(.)fixef(.),type="parametric",B=1000)

#This doesn't run, showing an error that 

> "some bootstrap runs failed", producing NAs

#However, lmer works

mod1<-lmer(PC1~SA+Y+CMIave+MATave+(1|PLOT_ID),data)

mixed.bootmod<-bootMer(mod,function(.)fixef(.),nsim=1000)
mixed.bootmod<-lmeresampler::bootstrap(mod,function(.)fixef(.),type="parametric",B=1000)

Answer 1

我相信lmeresampler包最近被删除了，并编辑了命令调用，因为我在网上遇到了两种不同的示例样式，只有一种可以工作。当我为我的混合模型运行bootstrap()时，它使用以下命令样式工作：

mod<-lme(biomass~Community*Nutrient+Salinity, random=~1|Block,data)
mod_boot<-lmeresampler::bootstrap(mod, fn=fixef, type="parametric",B=10000)