如何在使用ncdf4::ncvar_get时指定维度顺序？

Question

在前一个问题(从netCDF更快地读取时间序列？)之后，我重新安排了netCDF文件，以提供快速的时间序列读取(github上的脚本最终会被清理..。)。

简而言之，为了使读取速度更快，我将维度从lat, lon, time重新排列为time, lat, lon。现在，我的现有脚本中断了，因为它们假设维度始终是lat, lon, time，遵循ncvar_get的ncdf4文档，用于“开始”参数：

阶为X-Y-Z-T (即时间维数为最后)

然而，情况并非如此。

此外，通过命令行netCDF实用程序ncdump -h和R函数ncdf4::nc_open列出的变量顺序存在相关的不一致性。第一个维度是按照预期的(lat，lon，time)顺序的，而后者是第一次看到维度(时间，时间，时间)。

对于一个最小的例子，下载文件test.nc并运行

bash-$ ncdump -h .nc
bash-$ R
R> library(ncdf4)
R> print(nc_open("test.nc")

我想做的是从变量"lwdown“中得到5-15的记录。

my.nc <- nc_open("test.nc")

但是这不起作用，因为R首先看到时间维度，所以我必须将我的脚本更改为

ncvar_get(my.nc, "lwdown", start = c(5, 1, 1), count = c(10, 1, 1))

更新我的脚本和函数并不是很糟糕，只是我希望能够从文件中读取数据，而不管维度顺序如何。

除了有方法推广这个函数之外，它是否独立于维数顺序工作呢？

Answer 1

在提出问题时，我想出了这个解决办法，尽管仍有改进的余地：

我能得到的最接近的方法是打开文件并以这样的方式查找顺序：

my.nc$var$lwdown$dim[[1]]$name
[1] "time"
my.nc$var$lwdown$dim[[2]]$name
[1] "lon"
my.nc$var$lwdown$dim[[3]]$name
[1] "lat"

这让我有点不满意，尽管它让我找到了这样的解决方案：

如果我想从c(lat = 1, lon = 1, time = 5)开始，但是ncvar_get期望一个任意的命令，我可以说“

start <- c(lat = 1, lon = 1, time = 5)
count <- c(lat = 1, lon = 1, time = 10)
dim.order <- sapply(my.nc$var$lwdown$dim, function(x) x$name)

ncvar_get(my.nc, "lwdown", start = start[dim.order], count = count[dim.order])

Answer 2

我最近也碰到了这个。我有一个netcdf，其中包含这种格式的数据。

nc_in <- nc_open("my.nc")

nc_in$dim[[1]]$name == "time"
nc_in$dim[[2]]$name == "latitude"
nc_in$dim[[3]]$name == "longitude"

nc_in$dim[[1]]$len == 3653 # this is the number of timesteps in my netcdf
nc_in$dim[[2]]$len == 180 # this is the number of longitude cells
nc_in$dim[[3]]$len == 360 # this is the number of latitude cells

令人讨厌的是，netCDF的昏暗成分是按T，Y，X顺序排列的。

如果我试图使用 nc_in$dim中索引的顺序来获取pr nc_in$dim var的时间序列数据，则会得到一个错误。

ncvar_get(nc_in,"pr")[3653,180,360] # 'subscript out of bounds'

如果我以X，Y，T顺序获取数据，它可以工作：

ncvar_get(nc_in,"pr")[360,180,3653] # gives me a value

我不明白的是，ncvar_get()包是如何知道什么变量代表X、Y和T的，特别是如果您已经生成了自己的netCDF。