Python:从数据中绘制网络图

Question

我有以下数据集：

firm_id_1 firm_id_2
1         2
1         4
1         5
2         1
2         3
3         2
3         6
4         1
4         5
4         6
5         4
5         7
6         3 ....

我想要绘制firm_id = 1的网络。换句话说，我想看到一个图，它显示firm_id = 1与2、4、5直接相连，通过公司2间接连接到3，通过公司4连接到6，通过公司5间接连接到7。换句话说，I表示从firm_id=1开始到每个节点(firm_id)的最短距离。我的数据中有3000个节点，我知道公司1在少于9个顶点的情况下到达所有节点。我如何用Python绘制这个图呢？

Answer 1

我会从一个名为NetworkX的库开始。我不确定我理解你想要的一切，但我认为这应该足够接近你去修改它。

此程序将从文本文件graphdata.txt加载数据，按空格拆分，并将这一对数据添加为边缘。

然后计算出从1到所有节点的最短路径，如果距离大于9，则打印.有关更多细节，请参见文档。

最后，它将使用spring布局将图形呈现到名为mynetwork.png的文件和屏幕上。

对于3000个节点可能/不需要某些优化。

希望这能有所帮助！

import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt

graph = nx.Graph()
with open('graphdata.txt') as f:
    for line in f:
        firm_id_1, firm_id_2 = line.split()
        graph.add_edge(firm_id_1, firm_id_2)

paths_from_1 = nx.shortest_path(graph, "1")
for path in paths_from_1:
    if len(paths_from_1[node]) > 9:
        print "Shortest path from 1 to", node, "is longer than 9"


pos = nx.spring_layout(graph, iterations=200)
nx.draw(graph, pos)
plt.savefig("mynetwork.png")
plt.show()

Answer 2

您可以尝试python-图包。我不确定它的可伸缩性，但你可以这样做.

from pygraph.classes.digraph import digraph
from pygraph.algorithms.minmax import shortest_path

gr= digraph()

gr.add_nodes(range(1,num_nodes))

for i in range(num_edges):
    gr.add_edge((edge_start, edge_end))

# shortest path from the node 1 to all others
shortest_path(gr,1)