使用aheatmap/heatmap2 2时，在R中显示树状图的比例

Question

在调用NMF包aheatmap或heatmap.2时，如何使R绘制树状图标度(以便解释每个树状图的高度)和热图？这些树状图显示了规模：http://gastonsanchez.com/blog/how-to/2012/10/03/Dendrograms.html，这是执行plot(hclust(...))的默认行为，我想仿真一下，但不确定如何通过heatmap函数来实现。

Answer 1

这里的问题是heatmap.2如何绘制一个dendrogram对象。heatmap.2使用代码plot(ddr, horiz = TRUE, axes = TRUE, yaxs = "i", leaflab = "none")，其中ddr是树状图。您希望axes参数是FALSE。作为解决办法，我创建了heatmap.2函数的修改版本。有关详细信息，请参阅?plot.dendrogram。

x = matrix( rnorm(25), ncol=5 )
f = gplots:::heatmap.2

# Edit the appropriate lines of the heatmap.2 function
print(body(f)[[75]]) # The line to edit
# if (dendrogram %in% c("both", "row")) {
#   plot(ddr, horiz = TRUE, axes = FALSE, yaxs = "i", leaflab = "none")
# } else plot.new()
body(f)[[75]][[3]][[2]][[4]] = TRUE

print(body(f)[[77]])
# if (dendrogram %in% c("both", "column")) {
#   plot(ddc, axes = FALSE, xaxs = "i", leaflab = "none")
# } else plot.new()
body(f)[[77]][[3]][[2]][[3]] = TRUE

f(x)

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