非法指令调试

Question

我编写了一整套生物信息学分析。(https://github.com/iontorrent/TS)它有很多的依赖关系(像鲤鱼，布拉斯，拉帕克，地图集等等)。

在编译时，我没有错误。问题是，创建的一些可执行文件无法工作，并在没有任何其他信息的情况下抛出一个非法的Instruccion。我在CentOS 5.6上使用GCC 4.8.2。

我想知道如何调试这些可执行文件，这样我就可以检查系统中哪一个库或代码出错了。

./tvc
tvc 4.0-7 () - Torrent Variant Caller

Illegal instruction

我认为问题在于LAPACK/BLAS/CBLAS。我对如何从源代码构建LAPACK/BLAS和CBLAS感到非常困惑。(在Centos 5中，LAPACK/BLAS的rpm版本已经过时，这个软件套件需要LAPACK 3.2.1)。我知道如何编译LAPACK和BLAS，我不知道如何安装CBLAS。

谢谢。

编辑：

提供此分析套件的人员还提供了一个带有预装Ubuntu和所有软件的VM。

我看了一下他们的gcc版本和配置：

gcc -v Using built-in specs. Target: x86_64-linux-gnu Configured with: ../src/configure -v --with-pkgversion='Ubuntu 4.4.3-4ubuntu5.1'
--with-bugurl=file:///usr/share/doc/gcc-4.4/README.Bugs --enable-languages=c,c++,fortran,objc,obj-c++ --prefix=/usr --enable-shared --enable-multiarch --enable-linker-build-id --with-system-zlib --libexecdir=/usr/lib --without-included-gettext --enable-threads=posix --with-gxx-include-dir=/usr/include/c++/4.4 --program-suffix=-4.4 --enable-nls --enable-clocale=gnu --enable-libstdcxx-debug --enable-plugin --enable-objc-gc --disable-werror --with-arch-32=i486 --with-tune=generic --enable-checking=release --build=x86_64-linux-gnu --host=x86_64-linux-gnu --target=x86_64-linux-gnu Thread model: posix gcc version 4.4.3 (Ubuntu 4.4.3-4ubuntu5.1)

我的GCC配置：

Configured with: ../configure --prefix=/share/apps/local/gcc/4.8.2 --with-mpfr=/share/apps/local/gcc/4.8.2 --with-gmp=/share/apps/local/gcc/4.8.2 --with-as=/share/apps/local/binutils/2.24/bin/as --enable-languages=c,c++,fortran
Thread model: posix
gcc version 4.8.2 (GCC) 

Answer 1

有几种可能性，但要想解决这个问题，请在调试器中运行程序，如下所示

$ gdb ./tvc

从调试器运行程序。注意：(gdb)是提示符

(gdb) run

这应该会抛出非法指令；从这里开始运行。

(gdb) bt full

这会告诉你非法指令发生在哪里。

Answer 2

可能是使用编译器设置编译它，以生成与CPU不兼容的代码。或者链接到为其他cpus优化的库。特别是数值库通常有特殊的构建来使用CPU的所有功能。例如，如果您使用构建的库来使用SSE4指令，但是您的CPU稍微老了一点，它可能会抛出此错误。

因此，请仔细阅读您的CPU可以使用哪一种库的lapack或blas。也许你必须为你的cpu重新编译它。

Answer 3

“我想知道如何调试这些可执行文件，”

从在调试器中运行它开始。(这就是为什么它被称为调试器；它帮助您调试可执行文件)。

当程序使用“非法指令”失败时，调试器将能够向您显示失败的位置，并提供有关原因的更多信息。