HDF5分组/从R组中的所有文件中提取相同的数据层

Question

我是一个相对较新的R用户。我在从几个HDF5文件中提取相同的文件时遇到了问题。这就是我使用rhdf5包时所做的事情：

files <- list.files(pattern = ".he5",full.names=TRUE)

我无法从所有HDF5文件中提取的文件具有扩展名

"/HDFEOS/SWATHS/ColumnAmountNO2/Data Fields/ColumnAmountNO2Trop"

当我对单个文件运行下面的命令时，它可以工作：

NO2he5<-h5read("MA.he5","/HDFEOS/SWATHS/ColumnAmountNO2/Data Fields/ColumnAmountNO2Trop")

如何将此转换为可以同时为多个hdf5文件提取层的函数？

Answer 1

请参阅lapply

library(rhdf5)
files <- list.files(pattern = ".he5", full.names = TRUE)
attribute <- "/HDFEOS/SWATHS/ColumnAmountNO2/Data Fields/ColumnAmountNO2Trop"
out.list <- lapply(files, h5read, attribute)

这将把所有读取的对象存储到一个对象中:一个列表。相对于创建尽可能多的文件，它是首选的方法。