Ubuntu 12.04和MPICH性能

Question

我试图在linux集群中安装mpich-3.1 (在所有机器上运行Ubuntu12.04)。以前，我通过sudo apt-get install mpich2安装了sudo apt-get install mpich2，但找不到如何运行测试。然后我去掉了sudo apt-get remove mpich2。

所以我决定升级到3.1。我按照https://www.mpich.org/static/downloads/3.1/mpich-3.1-installguide.pdf的说明通过运行以下命令下载并安装了mpich：

sudo ./configure前缀=/usr/local/mpich/ 数独 sudo make安装

很明显已经安装好了。如果我跑了

meteo@ventus:~/RAMS/RUN$ /usr/local/mpich/bin/mpiexec -f machinefile -n 20 hostname
ventus
ventus
ventus
ventus
ventus4
ventus4
ventus4
ventus4
ventus5
ventus5
ventus5
ventus5
ventus2
ventus2
ventus2
ventus2
ventus3
ventus3
ventus3
ventus3

虽然我发现这是“缓慢”的反应。机器文件在哪里

ventus:4
ventus2:4
ventus3:4
ventus4:4
ventus5:4

该目录被导出到集群中的所有节点，/etc/exports

/usr/local/mpich 192.168.1.0/24(rw,sync)

节点ventus4中的/etc/mtab ant /etc/fstab

ventus:/usr/local/mpich /usr/local/mpich nfs rw,vers=4,addr=192.168.1.1,clientaddr=192.168.1.4 0 0

ventus:/usr/local/mpich /usr/local/mpich   nfs

可能问题来自于先前的安装，而不是完全删除。

meteo@ventus:~$ which mpiexec
/usr/local/bin/mpiexec
meteo@ventus:~$ which mpirun
/usr/local/bin/mpirun
meteo@ventus:~$ which mpicc
/usr/local/bin/mpicc

按照安装说明，which mpiexec应该指向mpich安装bin目录/usr/local/mpich/bin/mpiexec。

但是如果我把/usr/local/bin/mpiexec移到/usr/local/bin/mpiexec.old

然后

meteo@ventus:~$ which mpiexec
/usr/local/mpich/bin/mpiexec

指向我的新mpich3安装目录。难道这就是表演缓慢的原因吗？我应该参加哪个测试来进行基准测试？如何完全删除mpich2。

Answer 1

如果您确实拥有对整个计算机的根访问权限，那么您可以随时删除所有二进制文件、库、标头等。我不确定系统上安装的所有东西(在任何地方都不同)，但通常的位置是/usr/local/bin、/usr/local/include、/usr/local/lib等。您应该查找这些文件(或类似的文件：

bin/:

• 任何以mpi开头的东西

包含/：

• 任何以mpi开头的东西
• 任何以opa开头的东西

lib/:

• 任何包括mpich的东西
• 任何包括mpl的东西
• 任何包括opa的东西

除此之外，不会有太多的干扰(在某个地方也有手册页，但这很好)。如果您删除所有这些文件，您应该已经摆脱了您的MPICH2安装。这真的应该用你做的apt-get uninstall来清理，但它既不在这里也不在那里.

现在，为了测试新的MPICH安装(这个项目现在称为MPICH，而不是MPICH3)，有很多MPI基准测试。我建议在你最喜欢的搜索引擎中输入mpi benchmarks，尝试一下你找到的几个搜索引擎。如果要进行比较，可以安装几个不同版本的MPI。当您这样做时，请确保您正确地设置了PATH和LD_LIBRARY_PATH环境变量，以便您的安装可以并排放置。