ggplot2 geom_jitter，颜色

Question

dotAW <- A_W_point
dotAW <- ggplot(dotAW,aes(x=AASW, y=WW, fill=taxa))  
dotAW <- dotAW  + geom_jitter(aes(color = taxa), size = 4)
dotAW <- dotAW  +geom_abline(intercept = 0, slope = 1)
dotAW <- dotAW + scale_y_continuous(limits=c(0,0.5)) + scale_x_continuous(limits=c(0,0.5))
dotAW

ggsave(dotAW, file="dotAW.pdf", width=12, height=10)

通过这幅图，我想把细菌分类群的相对丰度联系起来。我有一些问题要解决，我需要帮助

1)我想用eg + scale_fill_hue(l=45)或创建自己的颜色向量来改变颜色，但是我不知道把它放在脚本中的位置，颜色是以某种方式与geom_jitter相连的。最后，我想为每个分类群单独组合颜色和形状，以区别他们在情节中比只使用颜色更容易。

2)在保存之前，我想先定义一下情节的维度。在哪里和如何增加高度和宽度？

( 3) geom_jitter的使用正确吗？对我来说理解它的作用有点棘手。

下面是数据的链接，不幸的是，我还不能发布一个图像：http://goo.gl/8dZoAq

谢谢!

Answer 1

在geom_jitter中，点被绘制在它们的确切位置上，但除此之外(上/下和/或右/左)。

我已经将您的数据放入了一个dataframe df。然后，您可以使用以下方法创建您的情节：

dotAW <- ggplot(df,aes(x=AASW, y=WW, color=taxa)) + 
  geom_point(shape = 20, size = 4, position = "jitter") +
  geom_abline(intercept = 0, slope = 1) + 
  scale_y_continuous(limits=c(-0.05,0.5)) + 
  scale_x_continuous(limits=c(-0.05,0.5)) +
  scale_color_hue()
dotAW

其结果如下：

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您可以使用这样的scale_color_manual()手动设置颜色：

scale_color_manual(values = c("Flavobacteriaceae"="red", "Oceanospirillales"="blue", "Gammaproteobacteria" = "green"))