是否有抛出或忽略负值的Python函数？

Question

这个程序应该找出字符串从哪里开始(在"ATG")，直到一个端点(在"TAG“、"TAA”或"TGA")。每当我尝试使用我创建的函数和提供的测试字符串来计算lastIndex时，我就不断地收到-1作为索引。是否有抛出或忽略负值的Python函数？

genome = 'TTATGTTTTAAGGATGGGGCGTTAGTT'
newGenome = ''

def firstIndex(genome):
    return genome.find("ATG")

def lastIndex(genome):
    return min(genome.find("TAG"), genome.find("TAA"), genome.find("TGA"))


for i in range(genome.count("ATG")):
    newgenome = genome[firstIndex(genome):lastIndex(genome)]

Answer 1

find返回-1，如果它找不到任何东西。因此，如果没有找到任何密码子，lastIndex函数将始终返回-1。

您并不是真的想“忽略-1"，而是希望找到TAG|TAA|TGA的第一个实例。(幸运的是，您提供了代码，因此我们避开了XY problem中最糟糕的部分)

您的代码也存在效率低下的问题--它必须使3条完整的字符串贯穿整个字符串，才能找到三个密码子中的第一个。我们可以通过使用regex来改进这一点。

尝试使用re.finditer，这样你只需通过你的基因组一次：

next(m.start() for m in re.finditer('TAG|TAA|TGA',genome))
Out[9]: 8

使用next很好，因为如果生成器表达式中没有任何结果，我们就可以提供一个默认值：

def lastIndex(genome):
    return next((m.start() for m in re.finditer('TAG|TAA|TGA',genome)),None)

Answer 2

不确定忽略负值的函数在这里是否足够，因为您必须相应地更改for循环。实现此结果的一种方法是将代码修改为：

def lastIndex(genome):
    val = min(genome.find("TAG"), genome.find("TAA"), genome.find("TGA"))
    return val if val > -1 else None


for i in range(genome.count("ATG")):
    li = lastIndex(genome)
    if li:
        newgenome = genome[firstIndex(genome):li]
    else:
         newgenome = genome[firstIndex(genome):]

编辑:我的回答是提供一种方法来忽略lastIndex方法中的负返回值，并在后续的for循环中相应地处理它，而不管返回值的实际计算方式如何。但是，正如@roippi所指出的，计算lastIndex的返回值的方法存在一个缺陷，他的回答解决了这个问题。