使用VTK的Python脚本中的内存泄漏

Question

我目前正在使用Python来处理存储在EnSight黄金格式中的信息。我的Python2.6使用VTK (5.10.0)处理文件，在这里我使用vtkEnSightGoldReader读取数据，并通过时间步骤循环。原则上，这可以用于较小的数据集，但是对于大型数据集(GBs)，我看到在进程运行时，内存使用量(通过top)随着时间的增加而增加。这种内存填充缓慢，但在某些情况下，问题是不可避免的。

下面的脚本是我将问题降低到的最低效率脚本。

import vtk

reader = vtk.vtkEnSightGoldReader()

reader.SetCaseFileName("case.case")
reader.Update()

# Get time values
timeset=reader.GetTimeSets()
time=timeset.GetItem(0)
timesteps=time.GetSize()

#reader.ReleaseDataFlagOn()

for j in range(timesteps):
    curTime=time.GetTuple(j)[0]
    print curTime
    reader.SetTimeValue(curTime)
    reader.Update()

    #reader.RemoveAllInputs()

我的问题是，如何卸载/替换存储在内存中的数据，而不是连续使用更多的内存？

正如您在我的源代码中所看到的，我尝试了成员函数"RemoveAllInputs“和"ReleaseDataFlagOn"，但是它们不能工作，或者我错误地使用了它们。不幸的是，我并没有进一步接近解决方案。

我尝试过的其他方法是DeepCopy()方法，我在VTK网站上找到了这种方法。但是，这种方法似乎对我没有用，因为我甚至在调用GetOutput()之前就会遇到内存问题。

Answer 1

vtkEnsightGoldReader中确实存在(次要的)内存泄漏。内存泄漏是由于未正确清除集合对象造成的，而收集对象只在处理非常大的数据集时才会变得明显。从技术上讲，这不是内存泄漏，因为它在运行后会被正确清除。

这只能通过向VTK源代码应用补丁并重新编译来解决。我通过Kitware的人收到了下面的修补程序，所以我假设这是在VTK的以后版本中推出的。

diff --git a/IO/vtkEnSightReader.cxx b/IO/vtkEnSightReader.cxx
index 68a9b8f..7ab8ddd 100644
--- a/IO/vtkEnSightReader.cxx
+++ b/IO/vtkEnSightReader.cxx
@@ -985,6 +985,8 @@ int vtkEnSightReader::ReadCaseFileTime(char* line)
   int timeSet, numTimeSteps, i, filenameNum, increment, lineRead;
   float timeStep;

+  this->TimeSetFileNameNumbers->RemoveAllItems();
+
   // found TIME section
   int firstTimeStep = 1;