R data.table条件查找/替换

Question

我有一个data.table (sbd_sbmolbio_n)。我需要找到两个条件为真的行：

ORF_SEQUENCE包含“MKTIIALSYIFCLVFA”

N_TAG包含“信号Seq”

然后，我需要将N_TAG的“Signal”部分替换为“HA”，但将其余的字符串保留为-is(例如，“Signal Seq-10 10XHis Tev”改为“HA-10 10XHis Tev”

我正在尝试这样做：

sbd_sbmolbio_n[grep("MKTIIALSYIFCLVFA",ORF_SEQUENCE),][grep("Signal Seq", N_TAG), N_TAG := sub("Signal Seq", "HA", N_TAG)]

它正在查找行，但没有进行替换。有什么想法吗？

Answer 1

第一组括号返回一个不再是原始data.table的data.table，然后修改该data.table。要做到这一点--结合这两个条件(注意使用grepl而不是grep)：

sbd_sbmolbio_n[grepl("MKTIIALSYIFCLVFA",ORF_SEQUENCE) & grepl("Signal Seq", N_TAG),
               N_TAG := sub("Signal Seq", "HA", N_TAG)]