未知驱动程序类型"mpio“

Question

如果有人能引导我解决/理解以下错误信息，我将不胜感激：

f = h5py.File(filename, 'w', driver='mpio', comm=comm)
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/h5py/_hl/files.py", line 149, in __init__
fapl = make_fapl(driver,libver,**kwds)
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/h5py/_hl/files.py", line 37, in make_fapl
raise ValueError('Unknown driver type "%s"' % driver)
ValueError: Unknown driver type "mpio"

我使用ubuntu软件中心安装了h5py。(我运行了h5cc -showconfig并注意到启用了并行HDF5。)

我是在macbook上运行的，内核是2Duo，只有一个内核可以支持一个由ubuntu13.04组成的虚拟桌面。

Answer 1

Ubuntu附带的h5py版本是，而不是针对并行HDF5构建的。这就是你不能使用MPI驱动的原因。您需要手工构建h5py。最方便的方法是使用virtualenv环境，这样并行h5py版本就不会干扰Ubuntu安装的版本。你所要做的就是：

1. 从h5py中解压缩h5py.org源代码
2. 确保您在虚拟环境中(或者不安装，如果您喜欢全局安装h5py的话)。但是您最好卸载Ubuntu中的h5py )
3. 出口CC=mpicc
4. $ python setup.py build -mpi
5. $ python setup.py安装

就这样。详情请参见http://docs.h5py.org/en/latest/mpi.html。