用Python读取*.his (图像)文件

Question

我正在尝试读取一个图像文件，它是*.his格式。老实说，我对这种格式不太了解，花一些时间在谷歌上，我发现它是二进制格式，可以在ImageJ软件中作为原始格式导入。在进一步的查询中，我发现了*.his文件的以下细节：

• 图像类型=16位无符号
• 矩阵尺寸(以像素为单位)= w1024 x h1024
• 跳过头info = 100字节(图像数据第一个字节之前文件中的字节数)。
• 小端字节命令

有了这些信息，我就开始.

只想一个一个地打印这些值，只为了查看输出：

f = open("file.his", 'rb')
f.seek(100) 
try:
   byte = f.read(2)
   while byte != "":
      byte = f.read(2)
      print unpack('<H', byte) 
finally:
f.close()

它打印出一些数字，然后错误消息：.(64846，)(64846) (64830，)

回溯(最近一次调用)：打印解包(‘

请有人建议我如何阅读这类文件。我仍然认为‘解包’是正确的功能，但如果有人有类似的经验，任何反应都非常感谢。

Rky。

Answer 1

对于*.inr图像文件，我做了一个非常类似的任务--也许逻辑可以帮助您，这里是您可以应用的内容：

1-读取文件

首先，您需要读取文件。

file = open(hisfile, 'r')
inp = file.readlines()

2-Get报头

在我的例子中，我执行了for循环，直到字符数达到256个为止，在您的示例中，您需要计数位，以便逐行“打印”以确定何时需要停止或尝试使用此方法来计数比特：

import sys
sys.getsizeof(line) #returns the size of the object

3-数据

当您已经知道以下行是原始数据时，需要将它们放入一个带有for循环的变量中：

for line in inp:
    raw_data += line

4-转换数据

要将字符串转换为numpy数组，可以这样做：

data = fromstring(raw_data, dtype='uint16')

然后使用形状数据：

data = data.reshape((1024,1024)).transpose() #You need to see if the transpose part its relevant,because in my case was fundamental.

也许，如果你有一个文件的例子，我可以试着读它，并帮助你更多。当然，您可以使用if's在1 for循环中完成所有进程。