RcppArmadillo和arma命名空间

Question

刚开始对R有经验，但我是C++的新手，我用RcppArmadillo编写了一些函数，并且对它的可用性和速度都非常热心。现在我想使用函数RcppArmadillo.package.skeleton()将这些函数转换成一个包。

只要我在每个Armadillo对象(mat、colvec等)之前显式地使用arma::前缀，这就可以了。但是，如果我将using namespace arma;放在cpp文件的开头，然后省略arma::，则无法加载新创建的包并获得大量错误，这些错误表明Armadillo命名空间没有被识别。

任何关于如何解决这个问题的帮助/建议都非常感谢。谢谢,

法比安

PS:我在Windows 7和Ubuntu12.04上都尝试了上述方法，在每种情况下都使用了R3.0.2和RcppArmadillo_0.4.000.4。

PS2:附带的cpp文件(松散地跟随http://gallery.rcpp.org/articles/simulate-multivariate-normal/)说明了我的观点。如果我通过sourceCpp (从Rcpp包)将其导入R中，它会很好地工作，但是当我尝试将它包含到一个新包中时，会导致上面提到的问题。

// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]
#include <RcppArmadillo.h>
using namespace Rcpp;
using namespace arma;

// [[Rcpp::export]]
colvec mvndrawC(colvec mu, mat sig) {

double k = mu.size();
colvec aux = as<colvec>(rnorm(k));
mat csig = chol(sig).t();
colvec out = mu + csig*aux;
return(out);

}

编辑:详细信息

下面是当我执行以下操作时得到的错误输出：

1. 运行命令RcppArmadillo.package.skeleton("test2")，从而为新包"test2“创建文件夹
2. 将上述代码粘贴到.cpp文件中，并将其复制到新的test2/src文件夹中。
3. 试图通过从test2包调用load_all("test2")来加载新的devtools包

错误消息(在Rstudio中)

Loading test2
Re-compiling test2
'/usr/lib/R/bin/R' --vanilla CMD INSTALL '/home/fabian/test2' --library='/tmp    
/RtmplfAET0'  \
--no-R --no-data --no-help --no-demo --no-inst --no-docs --no-exec --no-multiarch  \
--no-test-load --preclean 

* installing *source* package 'test2' ...
** libs
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG   -I"/home/fabian/R/x86_64-pc-linux-gnu-library   
/3.0/Rcpp/include" -I"/home/fabian/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/RcppArmadillo  
/include"  -UNDEBUG -Wall -pedantic -g -O0 -fpic  -O3 -pipe  -g  -c RcppExports.cpp -o 
RcppExports.o
RcppExports.cpp:10:1: error: 'colvec' does not name a type
RcppExports.cpp: In function 'SEXPREC* test2_mvndrawC(SEXP, SEXP)':
RcppExports.cpp:16:40: error: 'colvec' was not declared in this scope
RcppExports.cpp:16:40: note: suggested alternative:
/home/fabian/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/RcppArmadillo/include/armadillo_bits   
/typedef_mat.hpp:65:22: note:   'arma::colvec'
RcppExports.cpp:16:47: error: template argument 1 is invalid
RcppExports.cpp:16:55: error: expected initializer before 'mu'
RcppExports.cpp:17:40: error: 'mat' was not declared in this scope
RcppExports.cpp:17:40: note: suggested alternative:
/home/fabian/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/RcppArmadillo/include/armadillo_bits   
/typedef_mat.hpp:63:22: note:   'arma::mat'
RcppExports.cpp:17:44: error: template argument 1 is invalid
RcppExports.cpp:17:52: error: expected initializer before 'sig'
RcppExports.cpp:18:16: error: expected ';' before '__result'
RcppExports.cpp:19:9: error: '__result' was not declared in this scope
make: *** [RcppExports.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package 'test2'
* removing '/tmp/RtmplfAET0/test2'
Error: Command failed (1)
In addition: Warning message:
The following packages are referenced using Rcpp::depends attributes however are  
not listed in the Depends and LinkingTo fields of the package DESCRIPTION file: 
RcppArmadillo 

PS3:如果我在文件开头删除// [[Rcpp...行，那么结尾处的警告消息就会消失(但是我不能通过sourceCpp获取它，所以我让它进来了)。

Answer 1

我认为这是因为Rcpp属性将您生成的C++源文件编译为RcppExports.cpp，它不会将using namespace arma;语句复制到其中。

这很棘手，因为不同的文件可能使用不同的名称空间，因此属性解析器不能只将所有using namespace ...语句复制到RcppExports.cpp中--它只是默认使用Rcpp命名空间。如果我们只是故意地将所有using namespace语句复制到RcppExports.cpp中，肯定会发生冲突。

无论如何，修复要么显式前缀arma::，要么修改RcppExports.cpp文件，使using namespace arma;位于顶部(但是每次调用compileAttributes()之后都必须这样做)。