runjags对象太大了。

Question

我试图使用一个新的包龙贾格运行JAGS，因为R2jags有一个bug (完整的模型代码在问题https://stats.stackexchange.com/q/62006/5509中)：

require("runjags")
out <- run.jags("Poisson.OD.t.test.txt", params, win.data, nc, inits,
      nb*4/5, ni, nb*1/5)
plot(out2, layout = c(4, 2))

这个包的缺点是，由runjags函数返回的run.jags对象已经与准备好的图表和输出捆绑在一起，而且太大了。作为比较，相应的.Rdata文件的大小(2个链，每个链保存了500个迭代，总共有1000个迭代)：

• runjags对象-1.2MB
• R2jags对象- 212 kB
• mcmc.list对象- 33 kB

runjags对象是巨大的，但是为了以后能够在模型上使用runjags接口，我必须存储它。

这个问题有什么解决办法吗？

Answer 1

类runjags的对象相当大，主要是因为它们存储所有需要的信息(模型/数据/RNG状态)，以便在停止时继续模拟。如果您想要的只是MCMC链，那么您可以使用以下方法消除其中的大部分内容：

as.mcmc.list(yourrunjagsobject)

将...or转换为可以直接与rjags包一起使用的内容：

as.jags(yourrunjagsobject)

另见?runjagsclass

或者，如果您有与打印/摘要相关的存储问题，并希望保留模型/数据/RNG状态，请尝试summarise=FALSE和plot=FALSE to run.jags()，这将防止在初始函数调用期间生成/存储这些数据。

您还可以对类对象进行黑客攻击，以摆脱我猜想的大型组件，但使用提供的转换方法要好得多.