设置runjags地块的选项

Question

我试图使用runjags包运行JAGS，并生成定制的绘图--改变链的颜色(完整的模型代码在问题https://stats.stackexchange.com/q/62006/5509中)：

require("runjags")
out2 <- run.jags("Poisson.OD.t.test.txt", params, win.data, nc, inits,
      nb*4/5, ni, nb*1/5)
plot(out2, layout = c(4, 2))

但改变情节参数似乎是不可能的。在?runjagsclass中，他们写道：

绘图方法生成跟踪图和密度图(请注意，它们是预先绘制的，并存储在runjag对象中，因此无法使用常用的点阵或绘图函数选项)。

这似乎已经是run.jags调用中的情节了！但这似乎也不允许改变情节选择。

问题：

1. 如何改变图形参数，如链色？
2. 为什么他们已经在run.jags中创建了地块？通常，设计良好的应用程序会将逻辑(模型计算)和输出分开。有什么特别的原因吗？

Answer 1

通常，runjags对象中最大的元素是数据和RNG状态，它们是继续保持模型的状态。除非这些数据存储在类中，否则在不需要额外参数的情况下，无法继续执行这些操作。但是，当您监视了大量变量时，有时预制板也相当大--在这些情况下，您可以通过将plots=FALSE指定为原始的run.jags()调用来消除所有绘图(以及相关的存储问题)。或者，您可以使用as.mcmc.list() (如您所预期的那样)将runjags对象分解为一个基本的as.mcmc.list对象。

因此，要回答您的问题: 1)首先使用as.mcmc.list()，然后在这些链上使用您想要的任何特定的图；2)我当时所做的设计决定是预先创建所有这些图(关于减薄的MCMC链，以尽量减少存储问题)，以便减少打印它们所需的时间，并使我通常想要快速查看的收敛诊断图易于掌握。这些并不是真正的(如帮助文件中所述)用于除了收敛诊断之外的任何东西。将来，我可能会考虑另一种动态生成绘图的方法(使用现有的S3方法)，因为存储这些图的代码非常古老，而且可能已经过时，但它始终是速度与存储的折衷。就我而言，速度几乎总是赢(我没有耐心)。